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Un article alter-scientifique sur les conflits d'intérêts... sans (enfin...) déclaration sur les conflits d'intérêts des auteurs !
Première partie
Ajout du 26 décembre 2016 :
Un lecteur m'a interpellé en particulier sur la question de la déclaration sur les conflits d'intérêts. Une petite vérification donne à penser que l'usage de PLOS One est de la faire figurer sous l'onglet « Authors ». L'article examiné ici ne s'écarte donc pas de cette pratique.
Une pratique que l'on peut trouver fort discutable dans la mesure où le lecteur moyen n'entre généralement dans la page annexe que s'il veut en savoir plus sur les affiliations des auteurs. Mais c'est la pratique du journal, pas une décision des auteurs.
Cela n'enlève en rien les interrogations sur la substance de la déclaration d'absence de conflits d'intérêts.
Dans ce billet, nous examinerons le dernier article de la doublette Denis Bourguet-Thomas Guillemaud devenue triplette avec Éric Lombaert, « Conflicts of Interest in GM Bt Crop Efficacy and Durability Studies » (conflits d'intérêts dans les études sur l'efficacité et la durabilité des plantes GM Bt).
La machine à dénigrer une partie de la recherche en matière d'OGM sur la base d'arguments futiles et spécieux est déjà en route.
Quel a été l'objectif de ce travail de compilation et d'analyse de 1227 références bibliographiques initiales aboutissant à une sélection de 672 articles ? Nous pensons...
La doublette ? Nous lui devons l'extravagant « The Hidden and External Costs of Pesticide Use » (les coûts cachés et externes de l'utilisation des pesticides) que nous avons abondamment analysé dans « Pesticides: Economic nonsense? » et que d'autres ont également taillé en pièces – comme notre ami Anton Suwalki et l'excellent Forumphyto (ici, ici et ici), ou encore Risk-monger.
Est-ce de la Schadenfreude que de sortir de la naphtaline un article de science parallèle qui met au bilan des pesticides, côté passif, le surcoût pour les personnes qui mangent bio à cause de leur peur des pesticides, ou encore les pertes de rendement des cultures dues aux maladies et ravageurs résistants aux pesticides, des pertes qui seraient subies en l'absence de pesticides ?
Non, c'est un signal d'alerte : quand des chercheurs fautent à ce point dans une publication, toute publication suivante doit être examinée avec un surcroît d'attention et de scepticisme a priori.
Ça a la couleur de la science,
le goût de la science…
mais ce n’est pas de la science,
c'est la « science » Canada dry ou « science » parallèle.
Signal d'alerte ? Dans notre précédent billet, nous avions relevé qu'aucun des deux auteurs n'était qualifié pour l'exercice qu'ils ont mené en un duo solitaire ; qu'aucun d'eux n'avait les études économétriques dans son cahier des charges à l'INRA. Nous nous étions aussi interrogé :
« Comment, dès lors, l'affiliation à l'INRA a-t-elle pu être revendiquée dans la publication pour un travail qui relève à l'évidence du violon d'Ingres – lire sans nul doute : du militantisme ? »
Cela faisait écho à l'interrogation de Forumphyto, fondée, elle, sur la piètre qualité du travail :
« Comment l’INRA peut-elle laisser son nom associé à une telle étude ? Négligence ou volonté délibérée ? L’INRA est-elle tombée aussi bas ? Si tel est le cas, ne faudrait-il pas demander à une équipe transdisciplinaire de se pencher sur une Analyse Coût-Bénéfice de l’INRA… »
Force est de constater que nous devons poser les mêmes questions.
Car la nouvelle étude sort aussi du domaine de compétence des auteurs et – faisons de l'auto-citation – « relève à l'évidence du violon d'Ingres – lire sans nul doute : du militantisme ».
La nouvelle étude ne soulève pas d'objections monumentales comme la précédente ; elle n'en présente pas moins de sérieuses insuffisances. Mais il convient de l'examiner de manière attentive sous trois perspectives :
-
ce qu'elle dit, ce qu'elle ne dit pas et comment elle le dit ;
-
ce qu'en ont fait les communicants ;
-
ce qu'en ont fait les médias.
Posons un axiome : un article scientifique relève, ou peut être suspecté de relever, du militantisme (socio-politique) s'il est conçu de manière à produire une instrumentalisation socio-politique, ou à ne pas prévenir sa production.
Les auteurs peuvent sans nul doute exciper de leur bonne foi, de leur inexpérience sur le devenir médiatique de leur publication, etc. Ils peuvent aussi être victimes d'une instrumentalisation abusive. Mais cela devient difficile quand il y a des précédents.
Le résumé
Nous avons pour principe – sauf quand nous fourchons, nul n'est parfait... – d'être complet. Voici donc le résumé de l'étude (notre traduction et notre division en paragraphes) :
« La confiance du public dans les études sur les plantes génétiquement modifiées (GM) est au mieux ténue dans de nombreux pays, notamment ceux de l'Union européenne. Un manque d'information sur les effets des liens entre la recherche universitaire et l'industrie pourrait amenuiser cette confiance jusqu'au point de rupture. Nous avons donc effectué une analyse d'un grand nombre d'articles de recherche (n = 672) portant sur l'efficacité ou la durabilité des plantes GM Bt et des liens entre les chercheurs menant ces études et l'industrie des plantes GM.
Nous avons constaté que les liens entre les chercheurs et l'industrie des plantes GM étaient courants, 40% des articles étant considérés comme présentant des conflits d'intérêts (COI [conflicts of interest]).
En particulier, nous avons constaté que, comparée à l'absence de COI, la présence d'un COI était associée à une fréquence 50% plus élevée de résultats favorables aux intérêts de la société de plantes GM. En utilisant notre grand ensemble de données, nous avons été en mesure de proposer des mécanismes directs et indirects possibles présidant à cette association statistique. Ils pourraient notamment inclure des changements de paternité ou des déclarations de financement après que les résultats d'une étude ont été obtenus, et un choix dans les sujets étudiés axé sur les priorités industrielles. »
Qu'est-ce qu'un conflit d'intérêts ? Selon le communiqué de presse de l'INRA :
« ...Un ensemble de circonstances qui créent un risque que le jugement professionnel ou les actions concernant un intérêt principal soient indûment influencés par un intérêt secondaire (définition tirée de Field MJ, Lo B. Conflict of interest in medical research, education, and practice. National Academies Press, Washington. 2009) ».
Le lecteur rationnel et sceptique, confronté à de telles allégations – surtout dans un article qui fustige les conflits d'intérêts –, s'attend à trouver une déclaration d'absence de conflits d'intérêts à la fin de l'article... Il n'y en a pas !
En fait, il faut chercher dans une page annexe. Admettez que cela fait désordre !
Les auteurs annoncent une absence de conflits d'intérêts. Vraiment ?
Dans la partie « Limitations de cette étude », les auteurs ont noté ceci :
« Enfin, cette étude n'a porté que sur les COI financiers. Les COI non financiers, également connus sous le nom de COI intrinsèques ou intellectuels – issus d'intérêts personnels, politiques, académiques, idéologiques ou religieux – pourraient également avoir un impact significatif sur les résultats des études de recherche. »
Pas de conflits d'intérêts idéologiques – par exemple – pour des chercheurs qui sortent de leur domaine de compétence scientifique pour se lancer dans une analyse de nature plutôt sociologique ? En se prévalant du reste de leur affiliation à l'INRA...
Le « premier » tri. – Les auteurs ont rassemblé en intermédiaire 920 et au final 672 études à partir d'un total de 1.227 articles publiés entre 1990 et 2015, trouvés sur la base d'une longue liste de mots clés. Sur le fond ils ont notamment exclu 307 articles qui « traitaient de sujets divers, y compris des évaluations des effets des plantes Bt sur les organismes non-cibles, […] et de plantes Bt développées par des universitaires plutôt que des entreprises de plantes GM. »
L'absence d'effets sur un organisme non-cible n'est-elle pas une composante de l'efficacité ? Que penser d'un article de chercheur académique trouvant des avantages à un OGM développé par la recherche publique ?
Quelle influence – lire : « biais » – sur les résultats ?
L'article nous apprend par ailleurs que ce tri – à raison du sujet traité – a été réalisé en partie après d'autres analyses ayant une influence déterminante sur les résultats. On est donc en présence d'un double (risque de) biais : un biais lié aux sujets en tant que tels, et un biais lié à la connaissance de l'évaluation du critère suivant.
Type de conclusion. – Curieusement, les auteurs (deux sur trois... pourquoi ?) ont travaillé sur la sélection intermédiaire de 920 articles. Cela pose inévitablement la question de savoir si le tri suivant – l'élimination des articles dont ils ont trouvé qu'ils étaient hors sujet sur la base du texte de l'article et pas seulement du résumé – n'a pas subi un biais du fait de cette classification préalable.
C'est, à notre sens, une erreur méthodologique fondamentale.
Les complotistes verront dans cet ordre de succession des étapes hautement anormal une démarche en vue de produire le résultat souhaité.
Le classement s'est fait en trois catégories « en fonction du ton général du titre et du résumé et des conclusions formelles énoncées dans le résumé » : « favorable », « neutre » ou « défavorable ».
Par rapport à quoi ? Réponse : par rapport
« ...aux intérêts financiers d'au moins une entreprise de plantes GM ».
Citons pour lever toute ambiguïté :
« Les résultats des 920 articles retenus pour l'analyse ont été classés en "favorables", "neutres" et "défavorables" aux intérêts financiers d'au moins une entreprise de plantes GM. »
C'est là une phraséologie surprenante ! Une protection contre des ravageurs fonctionne essentiellement au bénéfice des agriculteurs (sinon ils ne l'achèteraient et ne l'utiliseraient pas). Les intérêts des producteurs de plantes GM – qui sont loin de se limiter aux producteurs des « événements » génétiques – ne sont servis que par le fait que les produits en cause – les leurs propres et ceux de leurs partenaires « semenciers » – suscitent l'engouement des agriculteurs prêts à les acheter. L'article occulte ainsi le bénéfice des agriculteurs ainsi que leur rôle dans le succès ou l'échec d'un OGM.
D'une manière générale, on est confronté ici, au détour d'une simple phrase, au discours anti-OGM et anticapitaliste.
Mais ce n'est pas tout !
Les critères détaillés ont été publiés dans l'article en toute transparence. Mais cela suscite aussi, pour le moins, un formidable scepticisme.
Ainsi, est classé en « favorable » un article scientifique qui conclut qu'« une ou plusieurs plantes Bt testées produisent un niveau de contrôle satisfaisant des ravageurs cibles ». Admettons ! Mais le « défavorable » n'est pas l'exact contraire : « Une ou plusieurs plantes Bt n'ont pas produit un haut niveau de contrôle des ravageurs cibles, compromettant potentiellement l'efficacité de la stratégie de gestion de la résistance au Bt ».
Une étude serait aussi favorable à une – disons le sans ambages – multinationale, dès lors qu'« une population de ravageurs résistante à une toxine Bt particulière est contrôlée par une autre toxine ou par d'autres méthodes pour lesquelles il n'y a pas de résistance croisée ». Ou encore parce que « plusieurs toxines Bt agissant par le biais de différents récepteurs (c'est-à-dire diminuant le risque de résistance croisée) pourraient être combinées avec succès par empilement dans des plantes Bt ».
Nous pouvons continuer ainsi longtemps. La conclusion qui s'impose est que les critères de décision ne sont ni cohérents, ni linéaires. Il suffit du reste de constater que les auteurs fournissent leur liste de critères indépendamment de leur classification des articles selon qu'ils traitent de l'efficacité ou de la durabilité. C'est le point suivant.
Mais on ne peut pas quitter ce point sans relever que 11,2 % des articles ont fait l'objet d'un classement incertain par au moins un des deux évaluateurs : ou, pour 19,2 % d'entre eux, par des classements différents par les deux évaluateurs.
Efficacité v. durabilité. – Les articles ont été répartis en deux catégories sur la base des seuls titres et résumés : ceux qui traitent de l'efficacité des plantes Bt et ceux qui traitent de la durabilité.
La clé de décision est plutôt complexe. Elle est, là encore, discutable. Ainsi, la « détection de la résistance au Bt au sein d'une population naturelle des ravageurs cibles » fait tomber l'article dans la catégorie « durabilité ». N'est-ce pas aussi un critère essentiel de l'efficacité ?
Là encore, les critères sont hétérogènes et incohérents. Il n'est dès lors guère étonnant qu'ils se soient traduits par une grande incertitude : au moins un des deux auteurs (encore une fois : pourquoi pas les trois?) a été incertain pour 25,1 % des cas ; et 4,3 % des articles ont donné lieu à des classements initiaux différents.
Posons-le ici, alors que nous le pouvions déjà précédemment : lorsqu'on part d'un tel niveau d'incertitude, on peut trouver grotesque de calculer de p values.
Et c'est une véritable escroquerie que d'asséner des valeur de p relativement à des données qu'on a colligées à la va-comme-j'te pousse.
Financement et affiliation des auteurs. – Cette rubrique illustre aussi l'impérieuse nécessité, dans le cadre de cet exercice, d'établir un système de classification sans nuances, ici essentiellement binaire (avec toutefois une catégorie « indéterminé »).
Un article est donc affligé d'un conflit d'intérêts, ou bien s'il y a au moins un auteur travaillant pour une entreprise produisant des OGM (« COI d'affiliation »), ou bien un financement, même partiel, d'une entreprise produisant des OGM (« COI de financement »).
Notez bien le mécanisme, illustré par le premier article de leur liste, « Frequency of resistance to Vip3Aa20 toxin from Bacillus thuringiensis in Spodoptera frugiperda (Lepidoptera: Noctuidae) populations in Brazil » : neuf auteurs (Oderlei Bernardi, Daniel Bernardi, Rebeca S. Ribeiro, Daniela M. Okuma, Eloisa Salmeron, Julio Fatoretto, Fernanda C.L. Medeiros, Tony Burd, Celso Omoto), deux travaillent pour Syngenta => conflit d'intérêts. Syngenta a apporté un concours technique et un appui financier partiel => conflit d'intérêts.
Ajoutons que le résumé se termine par :
« Par conséquent, si d'autres facteurs tels que la transmission de la résistance sur le mode récessif et un haut niveau de respect des zones refuges sont remplis, le risque de résistance à Vip3Aa20 des populations de S. frugiperda peut être minimisé au Brésil. »
=> favorable aux intérêts financiers de Syngenta...
Auteur principal. – C'est en anglais « leading author » (il y a dans la rubrique précédente une notion de « senior author » dans un critère de décision qui semble n'avoir joué aucun rôle). Les explications sont étonnantes :
« Pour chaque article, l'auteur principal a été identifié comme l'auteur présent dans le plus grand nombre d'articles parmi les 672 articles considérés dans cette analyse. Si plusieurs auteurs d'un même article ont été mentionnés comme auteurs dans le même nombre d'articles de notre liste, l'auteur principal a été identifié comme le premier dans l'ordre alphabétique. »
Pour 672 articles, les auteurs ont identifié 193 auteurs principaux.
Sans surprise, les auteurs principaux les moins prolifiques ont produit un seul article. Le plus prolifique (Bruce E Tabashnik) en a produit 53, selon les auteurs. Il pèse donc pour près de 8 %.
L'un des auteurs, M. Denis Bourguet, s'affiche avec 15 publications, soit 2 % du total. Nous avons eu une curiosité qui s'est arrêtée au premier article de « sa » liste : « The Genetic Structure of Asian Corn Borer, Ostrinia furnacalis, Populations in China: Haplotype Variance in Northern Populations and Potential Impact on Management of Resistance to Transgenic Maize » de Jing Li, Brad S. Coates, Kyung Seok Kim, Denis Bourguet, Sergine Ponsard, Kanglai He et Zhenying Wang.
M. Bourguet auteur principal de cet article ? Vraiment ? Combien y a-t-il d'autres attributions de même nature ?
Mais il y a pire : le biais de la part d'un auteur qui connaît ses propres publications !
Le biais est peut-être insignifiant s'agissant des résultats du massage de données statistiques. Mais il nous semble – reprenons : nous sommes convaincus – qu'un traitement honnête du sujet aurait imposé à l'un de ses auteurs l'obligation de déclarer un conflit d'intérêts en ce qu'il s'est prononcé – pour l'ensemble des critères retenus – sur le classement de ses propres travaux et sur leur influence sur le résultat de l'article examiné ici.
Il y a deux manières d'énoncer les résultats : produire les chiffres bruts, ou se référer aux chiffres – souvent des pourcentages – issus du massage, peut-être militant, opéré par les auteurs.
Voici les chiffres bruts :
|
|
Favorable |
Neutre |
Défavorable |
Total |
|
Efficacité |
|
|
|
|
|
Pas de COI |
57 |
31 |
17 |
105 |
|
COI |
81 |
27 |
9 |
117 |
|
Indéterminé |
33 |
16 |
9 |
58 |
|
Total |
171 |
74 |
35 |
280 |
|
|
|
|
|
|
|
Durabilité |
|
|
|
|
|
Pas de COI |
69 |
93 |
83 |
245 |
|
COI |
42 |
40 |
30 |
112 |
|
Indéterminé |
6 |
12 |
17 |
35 |
|
Total |
117 |
145 |
130 |
392 |
|
|
|
|
|
|
|
Grand total |
288 |
219 |
165 |
672 |
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