Voici comment les scientifiques savent que le coronavirus provient de chauves-souris et n'a pas été créé dans un laboratoire

Voici comment les scientifiques savent que le coronavirus provient de chauves-souris et n'a pas été créé dans un laboratoire

Polly Hayes*

L'une des théories du complot auxquelles se sont heurtées les tentatives de tenir les gens informés pendant la pandémie est l'idée que le coronavirus a été créé dans un laboratoire. Mais la grande majorité des scientifiques qui ont étudié le virus s'accordent à dire qu'il a évolué naturellement et qu'il est passé à l'homme à partir d'une espèce animale, très probablement une chauve-souris.

Comment savons-nous exactement que ce virus, le SARS-CoV-2, a une origine animale « zoonotique » et non artificielle ? Les réponses se trouvent dans le matériel génétique et l'histoire de l'évolution du virus, et dans la compréhension de l'écologie des chauves-souris en question.

On estime que 60 % des maladies infectieuses connues et 75 % de toutes les maladies nouvelles, émergentes ou réémergentes chez l'homme, sont d'origine animale. Le SARS-CoV-2 est le plus récent des sept coronavirus découverts chez l'homme, qui proviennent tous d'animaux, qu'il s'agisse de chauves-souris, de souris ou d'animaux domestiques. Les chauves-souris sont également à l'origine des virus responsables des infections à Ebola, de la rage, des infections à virus Nipah et Hendra, de la maladie du virus de Marburg et des souches du virus de la grippe A.

La composition génétique ou « génome » du SARS-CoV-2 a été séquencée et publiquement partagée des milliers de fois par des scientifiques du monde entier. Si le virus avait été génétiquement modifié en laboratoire, il y aurait des signes de manipulation dans les données du génome. Il s'agirait notamment de la preuve qu'une séquence virale existante constitue l'épine dorsale du nouveau virus, et d'éléments génétiques évidents, ciblés, insérés (ou supprimés).

Mais de telles preuves n'existent pas. Il est très peu probable que les techniques utilisées pour modifier génétiquement le virus ne laissent pas de signature génétique, comme des morceaux spécifiques identifiables de code ADN.

Le génome du SARS-CoV-2 est similaire à celui d'autres coronavirus de chauve-souris, ainsi qu'à celui des pangolins, qui ont tous une architecture génomique globale similaire. Les différences entre les génomes de ces coronavirus montrent des schémas naturels typiques de l'évolution des coronavirus. Cela suggère que le SARS-CoV-2 a évolué à partir d'un précédent coronavirus sauvage.

L'une des principales caractéristiques qui différencient le SARS-CoV-2 des autres coronavirus est une protéine « spicule » particulière qui se lie bien à une autre protéine à l'extérieur des cellules humaines appelée ACE2. Cela permet au virus de s'accrocher à une variété de cellules humaines et de les infecter. Cependant, d'autres coronavirus apparentés présentent des caractéristiques similaires, ce qui prouve qu'elles ont évolué naturellement et n'ont pas été ajoutées artificiellement en laboratoire.

Les coronavirus et les chauves-souris sont enfermés dans une course aux armements évolutive dans laquelle les virus évoluent constamment pour échapper au système immunitaire des chauves-souris et les chauves-souris évoluent pour résister aux infections par les coronavirus. Un virus évolue en de multiples variantes, dont la plupart seront détruites par le système immunitaire de la chauve-souris, mais certaines survivent et passent à d'autres chauves-souris.

Certains scientifiques ont suggéré que le SARS-CoV-2 pourrait provenir d'un autre virus de chauve-souris connu (RaTG13) découvert par des chercheurs de l'Institut de Virologie de Wuhan. Les génomes de ces deux virus sont similaires à 96 %.

Cela peut sembler très proche, mais en termes d'évolution, cela les rend en fait très différents et il a été démontré que les deux virus ont un ancêtre commun. Cela montre que le RaGT13 n'est pas l'ancêtre du SARS-CoV-2.

En fait, le SARS-CoV-2 a très probablement évolué à partir d'un variant viral qui ne pouvait pas survivre pendant une longue période ou qui persiste à des niveaux faibles chez les chauves-souris. Par coïncidence, il a développé la capacité d'envahir les cellules humaines et a accidentellement trouvé son chemin jusqu'à nous, peut-être par le biais d'un hôte animal intermédiaire, dans lequel il s'est ensuite développé. Ou bien une forme initialement inoffensive du virus peut avoir sauté directement dans les humains et avoir évolué pour devenir nocive lorsqu'elle passe d'une personne à l'autre.

Variations génétiques

Le mélange ou la « recombinaison » de génomes distincts de coronavirus dans la nature est l'un des mécanismes qui donne naissance à de nouveaux coronavirus. Il y a maintenant de nouvelles preuves que ce processus pourrait être impliqué dans la genèse du SARS-CoV-2.

Depuis le début de la pandémie, le virus du SARS-CoV-2 semble avoir commencé à évoluer en deux souches distinctes, acquérant des adaptations pour une invasion plus efficace des cellules humaines. Cela a pu se produire grâce à un mécanisme connu sous le nom de « balayage sélectif », par lequel des mutations bénéfiques aident un virus à infecter davantage d'hôtes et à devenir ainsi plus courant dans la population virale. Il s'agit d'un processus naturel qui peut finalement réduire la variation génétique entre les génomes viraux individuels.

Le même mécanisme expliquerait le manque de diversité observé dans les nombreux génomes de SARS-CoV-2 qui ont été séquencés. Cela indique que l'ancêtre du SARS-CoV-2 pourrait avoir circulé dans les populations de chauves-souris pendant une période considérable. Il aurait alors acquis les mutations qui lui ont permis de se répandre des chauves-souris vers d'autres animaux, y compris l'homme.

Il est également important de rappeler qu'environ une espèce de mammifère sur cinq sur Terre est une chauve-souris, certaines ne se trouvant qu'en certains endroits et d'autres migrant sur de vastes distances. Cette diversité et cette répartition géographique font qu'il est difficile de déterminer de quel groupe de chauves-souris le SARS-CoV-2 provient à l'origine.

Il y a des preuves que les premiers cas de COVID-19 se sont produits en dehors de Wuhan en Chine et n'avaient pas de lien clair avec le marché humide de la ville où l'on pense que la pandémie a commencé. Mais ce n'est pas la preuve d'une conspiration.

Il se pourrait simplement que les personnes infectées aient accidentellement apporté le virus dans la ville puis dans le marché, où les conditions de circulation ont augmenté les chances de propagation rapide de la maladie. Il se pourrait notamment qu'un des scientifiques participant aux recherches sur le coronavirus des chauves-souris à Wuhan ait été infecté sans le savoir et ait ramené le virus de l'endroit où vivaient les chauves-souris en question. Cela serait toujours considéré comme une infection naturelle, et non comme une fuite de laboratoire.

Ce n'est que grâce à une science solide et à l'étude du monde naturel que nous pourrons vraiment comprendre l'histoire naturelle et les origines de maladies zoonotiques comme le COVID-19. Cela est pertinent car notre relation en constante évolution et nos contacts croissants avec la faune sauvage augmentent le risque d'apparition de nouvelles zoonoses mortelles chez l'homme. Le SARS-CoV-2 n'est pas le premier virus que nous avons acquis des animaux et ne sera certainement pas le dernier.

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* Polly Hayes est maître de conférences en parasitologie et en microbiologie médicale à l'université de Westminster.

Cet article a été publié à l'origine sur The Conversation.

Source : https://allianceforscience.cornell.edu/blog/2020/07/heres-how-scientists-know-the-coronavirus-came-from-bats-and-wasnt-created-in-a-lab/