Selon des experts, la pandémie de Covid-19 pourrait avoir commencé dès le mois d'octobre

Selon des experts, la pandémie de Covid-19 pourrait avoir commencé dès le mois d'octobre

Mark Lynas*

Le nouveau coronavirus à l'origine de la pandémie de Covid-19 pourrait être passé de son hôte animal original à l'homme dès le mois d'octobre, selon la dernière analyse de l'évolution du génome viral.

Les scientifiques qui ont analysé les arbres génétiques de 7.666 génomes du SARS-CoV-2 collectés dans le monde entier ont estimé qu'un ancêtre commun aux souches circulantes du virus du Covid est très probablement apparu en Chine à un moment donné entre le 6 octobre et le 11 décembre 2019.

« La diversité génomique de la population mondiale du SARS-CoV-2 qui a été recueillie dans plusieurs pays indique une transmission mondiale étendue de Covid-19, probablement dès le tout début de la pandémie », écrivent-ils dans un article qui vient d'être publié dans la revue à comité de lecture Infection, Genetics and Evolution.

Cela suggère que le virus infectait probablement des personnes dans plusieurs pays des semaines, voire des mois, avant le début « officiel » de l'épidémie en janvier 2020 à Wuhan, en Chine.

« Toutes ces idées pour essayer de trouver un Patient Zéro sont inutiles car il y a beaucoup de patients zéros », a déclaré à CNN François Balloux, chercheur en génétique à l'Institut de Génétique de l'University College de Londres. « Il a été introduit et introduit et introduit dans presque tous les pays ».

Cependant, malgré cette preuve que le virus circulait déjà à l'échelle mondiale bien plus tôt qu'on ne le soupçonnait, les scientifiques ont anéanti l'espoir qu'un nombre suffisant de personnes aient déjà été exposées au virus pour développer une immunité de groupe substantielle dans le monde entier.

« Cela exclut tout scénario qui supposerait que le SARS-CoV-2 aurait pu être en circulation bien avant son identification, et donc avoir déjà infecté une grande partie de la population », ont écrit les scientifiques dans leur article intitulé « Emergence of genomic diversity and recurrent mutations in SARS-CoV-2 » (émergence de la diversité génomique et des mutations récurrentes du SARS-CoV-2).

La dernière analyse ne fournit aucune preuve à l'appui des récentes théories de conspiration affirmant que le virus du Covid-19 a été créé délibérément ou libéré, intentionnellement ou non, à partir d'un laboratoire. Les auteurs font référence à des analyses génétiques antérieures qui montrent clairement que le SARS-CoV-2 a des origines naturelles, très probablement parce qu'il a été introduit chez l'homme à partir de chauves-souris.

Le SARS-CoV-2 partage 96 % de son génome avec un virus de rhinolophe appelé BatCoV RaTG13 ; selon les chercheurs, il ne présente « aucune preuve d'événements de recombinaison ». Un hôte animal intermédiaire reliant ce virus de chauve-souris au Covid humain n'a pas encore été définitivement identifié, mais on pense qu'il s'agit de pangolins – un animal menacé d'extinction commercialisé illégalement sur les marchés asiatiques de faune et de flore sauvages et également largement utilisé dans la médecine chinoise non scientifique.

Le Dr Anthony Fauci, directeur de l'Institut National des Allergies et des Maladies Infectieuses des États-Unis, s'est également prononcé avec force contre les idées de dissémination délibérée, ou accidentelle, à partir d'un laboratoire chinois. « Tout de l'évolution progressive au fil du temps indique clairement que ce virus a évolué dans la nature et a ensuite sauté d'une espèce à l'autre », a déclaré M. Fauci au National Geographic.

Cette dernière analyse génomique apporte de bonnes nouvelles car elle ne montre qu'un taux limité de mutations parmi les multiples souches du SARS-CoV-2, qui ont encore suffisamment de leurs gènes et de leurs protéines en commun pour qu'un vaccin ou un médicament soit efficace à long terme.

L'étude permet également d'identifier les parties du génome du SARS-CoV-2 qui sont « conservées » – c'est-à-dire qu'elles restent les mêmes malgré d'autres variations génétiques – ce qui aide les chercheurs en vaccins à mieux identifier les cibles de leurs différentes approches. Les chercheurs écrivent qu'« il est important de souligner qu'il n'y a aucune preuve de l'évolution de phénotypes distincts dans le SARS-CoV-2 à ce stade ».

Selon l'Organisation Mondiale de la Santé, plus de 100 candidats vaccins contre le Covid-19 sont actuellement en cours de développement dans le monde.

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Source : https://allianceforscience.cornell.edu/blog/2020/05/Covid-pandemic-might-have-begun-as-early-as-october-experts-say/

Voici la résumé de « Emergence of genomic diversity and recurrent mutations in SARS-CoV-2 » (émergence de la diversité génomique et des mutations récurrentes du SARS-CoV-2) de Lucy van Dorp et al.

« Faits marquants

• Les estimations phylogénétiques soutiennent la thèse que la pandémie de Covid-2 a commencé à un moment entre le 6 octobre 2019 et le 11 décembre 2019, ce qui correspond au moment du saut de l'hôte dans l'homme.

• La diversité des souches de SARS-CoV-2 dans de nombreux pays résume toute la diversité mondiale du virus, ce qui en accord avec des introductions multiples du virus dans des régions du monde entier déclenchant des événements de transmission locaux.

• 198 sites du génome du SARS-CoV-2 semblent avoir déjà subi des mutations récurrentes, indépendantes, selon une analyse à grande échelle des ensembles de génomes publics.

• Les mutations récurrentes détectées pourraient indiquer une adaptation continue du SARS-CoV-2 à son nouvel hôte humain.

• La surveillance de l'accumulation et des caractéristiques de la diversité génétique du SARS-CoV-2 pourrait permettre de définir des cibles pour la mise au point de médicaments et de vaccins.

Résumé [nous déoupons]

Le SARS-CoV-2 est un coronavirus de type SRAS d'origine probablement zoonotique, identifié pour la première fois en décembre 2019 à Wuhan, la capitale de la province chinoise du Hubei. Le virus s'est depuis lors propagé dans le monde entier, ce qui a entraîné la pandémie de Covid-19 actuellement en cours.

La première séquence complète du génome a été publiée le 5 janvier 2020, et des milliers de génomes ont été séquencés depuis cette date. Cette ressource permet d'obtenir des informations sans précédent sur la démographie passée du SARS-CoV-2, mais aussi de surveiller la manière dont le virus s'adapte à son nouvel hôte humain, tout en fournissant des informations pour orienter la conception des médicaments et des vaccins.

Nous avons conservé un ensemble de données de 7.666 assemblages de génomes publics et analysé l'émergence de la diversité génomique au fil du temps. Nos résultats sont conformes aux estimations précédentes et indiquent que toutes les séquences partagent un ancêtre commun vers la fin de 2019, ce qui correspond à la période où le SARS-CoV-2 a fait son entrée chez son hôte humain.

En raison de l'ampleur de la transmission, la diversité génétique du virus dans plusieurs pays représente une grande partie de sa diversité génétique mondiale. Nous identifions les régions du génome du SARS-CoV-2 qui sont restées largement invariantes à ce jour, et d'autres qui ont déjà accumulé de la diversité.

En nous concentrant sur les mutations qui ont émergé indépendamment à plusieurs reprises (homoplasies), nous identifions 198 mutations récurrentes filtrées dans le génome du SARS-CoV-2. Près de 80 % des mutations récurrentes ont produit des changements non synonymes au niveau des protéines, ce qui suggère une possible adaptation continue du SARS-CoV-2.

Trois sites dans Orf1ab dans les régions codant pour Nsp6, Nsp11, Nsp13, et un dans la protéine Spike sont caractérisés par un nombre particulièrement élevé de mutations récurrentes (>15 événements) qui peuvent indiquer une évolution convergente et présentent un intérêt particulier dans le contexte de l'adaptation du SARS-CoV-2 à l'hôte humain.

Nous fournissons en outre une application web interactive et conviviale permettant d'interroger l'alignement des 7666 génomes du SARS-CoV-2. »

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[intoxication]

Des arguments pour zététique?