Un virus du coton a circulé sans être détecté pendant près de 20 ans

Un virus du coton a circulé sans être détecté pendant près de 20 ans

AGDAILY Reporters*

Image : Halawi, Shutterstock

Un virus responsable de la destruction des cultures de cotonnier dans le sud des États-Unis sévit dans les champs américains depuis près de 20 ans, sans avoir été détecté. Selon de nouvelles recherches, le virus du nanisme du cotonnier, longtemps considéré comme une arrivée récente, infectait déjà les plantes dans les États producteurs de coton dès 2006.

Les résultats, publiés dans Plant Disease par des chercheurs du Service de Recherche Agricole du département américain de l'Agriculture et des collaborateurs de l'Université Cornell, remettent en question les hypothèses de longue date sur la date et le mode d'apparition du virus dans le cotonnier américain. Ils démontrent également comment les outils modernes d'exploration de données peuvent révéler des menaces cachées dans des échantillons prélevés bien avant que le virus ne soit détecté.

« Le CLRDV a été officiellement détecté en 2017, on supposait donc qu'il n'était apparu que récemment aux États-Unis », a déclaré M. Alejandro Olmedo-Velarde, ancien associé postdoctoral à Cornell et aujourd'hui professeur adjoint au Département de Phytopathologie, d'Entomologie et de Microbiologie de l'Université d'État de l'Iowa. « Notre étude montre que ce virus était en fait présent dans la Cotton Belt du pays bien avant cela. Nous avons trouvé des preuves évidentes de la présence du virus dans des échantillons prélevés en 2006 dans le Mississippi, en 2015 en Louisiane et en 2018 en Californie. »

Pour confirmer ces résultats, l'équipe a mené des enquêtes sur le terrain en 2023, collectant des échantillons de cotonnier frais dans le sud de la Californie. Des tests en laboratoire ont confirmé que le CLRDV est actuellement présent en Californie, ce qui constitue le premier rapport officiel de l'État sur le virus.

A. Emplacements dans le sud de la Californie et zoom (B) où des échantillons ont été prélevés dans plusieurs champs de la vallée de Palo Verde (PV 1 à 7) et de la station de recherche agricole de Coachella Valley (Coach). Symptômes : enroulement des feuilles et présence d'aphides (notez l'abondance d'exosquelettes blancs sur les feuilles en raison de la mue des aphides) (C), plantes plus hautes que leurs congénères avec des nœuds terminaux empilés (D) et mosaïque (E), observés dans les échantillons prélevés dans la vallée de Palo Verde. Les symptômes observés à la station de recherche agricole de la vallée de Coachella se caractérisaient par un enroulement des feuilles et une chlorose internervaire (F). (Image : Alejandro Olmedo-Velarde et Michelle Heck, American Phytopathological Society)

L'approche de l'équipe s'est largement appuyée sur la réanalyse des données existantes dans les bases de données génétiques publiques. En exploitant ces ensembles de données, les chercheurs ont découvert des séquences virales qui correspondaient étroitement aux souches actuelles aux États-Unis, offrant ainsi une image plus complète de la propagation du CLRDV dans le temps et dans l'espace. L'étude souligne l'importance de maintenir des bases de données facilement accessibles et ouvertes au public afin d'améliorer la surveillance et la préparation futures en matière de maladies.

De manière inattendue, les chercheurs ont également identifié des traces du virus dans un endroit inhabituel : un échantillon provenant de l'intestin d'une vache étudiée par des chercheurs en Californie. Leurs données corroborent l'hypothèse selon laquelle la vache aurait ingéré des aliments pour animaux à base de plantes infectées par le CLRDV. Bien que cela ne suggère pas que les animaux soient infectés, cela ajoute une nouvelle dimension à la compréhension de la chronologie et de l'étendue de l'infection par le CLRDV aux États-Unis avant le premier rapport officiel.

L'étude ravive également l'intérêt pour une question non résolue dans la pathologie du cotonnier : le flétrissement bronze. Les chercheurs suggèrent un lien potentiel entre le CLRDV et les symptômes du flétrissement bronze, un sujet qui a suscité des débats dans le passé. « Aujourd'hui, alors que de plus en plus d'études corroborent nos conclusions, cette idée gagne du terrain », a déclaré M. Olmedo-Velarde. « Elle pourrait aider à expliquer les pertes de récoltes de longue date et éclairer les stratégies de surveillance des virus à l'avenir. »

Mme Michelle Heck, scientifique au Service de Recherche Agricole, explique : « Pour les agriculteurs, ces conclusions constituent à la fois une mise en garde et un appel à l'action. Le CLRDV est présent dans les champs américains depuis bien plus longtemps que ce que l'on pensait, et il pourrait être plus répandu que ne le suggèrent les rapports actuels. Comprendre comment et pourquoi le virus est resté si longtemps inaperçu, et pourquoi il devient aujourd'hui un problème plus important, sera essentiel pour développer des stratégies de gestion efficaces. »

Cette recherche met en évidence le rôle croissant de la bio-informatique, de la phytopathologie et de la collaboration interdisciplinaire dans l'agriculture moderne, et montre que les données existantes contiennent peut-être déjà les indices dont nous avons besoin pour détecter plus tôt les menaces émergentes.

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* Source : Cotton virus circulated undetected for nearly 20 years | AGDAILY

Comments

[Cyril]

Bonjour,
Article très sympa

[Ely]

Merci pour cet article très intéressant