Des chercheurs publient le premier génome complet de télomère à télomère de la laitue

Des chercheurs publient le premier génome complet de télomère à télomère de la laitue

ISAAA*

Une équipe de recherche de l'Institut des Sciences Agricoles Avancées de l'Université de Pékin a publié un assemblage complet du génome de télomère à télomère (T2T) de la laitue. Dans un article publié dans la revue Plant Communications, l'équipe a révélé pour la première fois la séquence génomique T2T complète et sans lacunes de 2,59 Gb de la laitue.

La recherche révèle également les caractéristiques structurelles très complexes du génome de la laitue et les caractéristiques de la séquence répétitive du centromère. Pour la première fois également, la conformation tridimensionnelle du génome et les caractéristiques épigénétiques de la laitue sont révélées, ce qui donne un aperçu important de la complexité du génome des plantes supérieures. En outre, cette étude a systématiquement prédit les gènes de résistance à des maladies de la famille des répétitions riches en leucine (NLR) du site de liaison des nucléotides de la laitue et a analysé leurs profils d'expression dans l'infection par la moisissure grise, fournissant de nouveaux indices pour l'étude du mécanisme de résistance aux maladies de la laitue.

L'étude a utilisé la variété de laitue romaine PKU06 très pure pour générer une couverture totale de 112,4× des longs reads de PacBio high-fidelity (HiFi) et de 42,9× des ultra-longs reads d'Oxford Nanopore Technology (ONT), ainsi qu'une couverture de 118,8× des reads Hi-C, pour assembler le génome complet de la laitue. La taille finale du génome est de 2,59 Gb, le Contig N50 est de 320,7 Mb, et 384 gaps dans la version Salinas, ce qui améliore considérablement la qualité de l'assemblage du génome de la laitue.

Pour plus de détails, lisez l'article dans Lifeasible.

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* Source : Researchers Release First Complete Telomere-to-Telomere Genome of Lettuce- Crop Biotech Update (September 4, 2024) | Crop Biotech Update - ISAAA.org

Ma note : Je n'ai rien compris... mais l'essentiel est de savoir qu'on a déchiffré le génome complet de la laitue.