Résistance aux antimicrobiens : comment le problème est lié à l'agriculture

Résistance aux antimicrobiens : comment le problème est lié à l'agriculture

Elizabeth Maslyn, AGDAILY*

Image : Tony Adkins, Shutterstock

Les antimicrobiens font les gros titres dans l'agriculture depuis longtemps, et généralement pas de manière positive.

En particulier pour les personnes éloignées de l'agriculture, le secteur est devenu un bouc émissaire facile pour les effets dévastateurs que la résistance aux antimicrobiens a eus – ou pourrait avoir – sur la santé humaine et animale. Mais les termes « antimicrobien » et « agriculture » sont-ils devenus synonymes en raison d'un usage abusif ou plutôt d'un malentendu ?

Tout d'abord, il faut savoir ce qu'est la résistance aux antimicrobiens. Selon l'Organisation Mondiale de la Santé, la résistance aux antimicrobiens se produit « lorsque les bactéries, les champignons, les virus et les parasites ne répondent plus aux médicaments antimicrobiens ». En d'autres termes, si les médicaments antimicrobiens sont prescrits de manière excessive ou s'ils sont insuffisamment dosés, les bactéries et les virus peuvent apprendre à combattre les médicaments qui sont censés les tuer.

Il s'agit là d'une préoccupation majeure, car de nombreuses bactéries, virus, champignons et parasites que nous ne soupçonnons même pas aujourd'hui pourraient devenir une grave menace pour la santé.

L'OMS indique que les infections urinaires, qui sont très courantes et souvent causées par la bactérie E. coli, sont de plus en plus difficiles à traiter avec les prescriptions habituelles. En 2020, l'OMS a constaté que 20 % des cas d'infections urinaires présentaient une sensibilité réduite aux médicaments antibactériens courants.

Mais où l'agriculture et où les antimicrobiens ont-ils commencé leur histoire tumultueuse ?

On peut dire sans risque de se tromper que lorsque les antimicrobiens ont explosé en popularité au milieu des années 1900, ils ont été surutilisés – à en juger par ce que nous savons aujourd'hui. L'ajout d'antibiotiques dans les aliments ou l'eau permettait aux agriculteurs de prévenir les maladies courantes plutôt que de devoir les traiter par la suite – il s'agissait d'une approche préventive plutôt que curative. Les animaux n'ont jamais eu l'occasion de tomber malades et ont fini par grandir plus vite, plus gros et en meilleure santé.

Cette utilisation préventive généralisée des antimicrobiens a donné à l'agriculture une très mauvaise réputation en ce qui concerne l'utilisation des médicaments. Au fur et à mesure que de nouvelles recherches sont menées sur l'efficacité des antimicrobiens et leur utilisation, les agriculteurs suivent les nouvelles lignes directrices avec l'accord et les conseils de leur vétérinaire.

Avance rapide : en 2023, l'utilisation des antimicrobiens dans l'agriculture a diminué de façon exponentielle. En tant qu'industrie, nous sommes passés d'une utilisation généralisée des antimicrobiens à une utilisation ciblée et au cas par cas.

Les graphiques de la FDA montrent que les ventes d'antimicrobiens par rapport aux stocks de bétail ont considérablement diminué depuis 2015, année où les ventes d'antimicrobiens ont atteint leur apogée.

Graphiques : FDA

En 2023, le Center for Veterinary Medicine de la Food and Drug Administration (FDA) a publié des orientations sur la disponibilité des antimicrobiens, ce qui signifie que les agriculteurs ne pourront plus se procurer de médicaments antimicrobiens en vente libre. Ce changement n'a pas été très important pour de nombreux agriculteurs, car ils reçoivent tous leurs traitements par l'intermédiaire de vétérinaires, mais il a eu un impact sur certains d'entre eux qui avaient l'habitude de se procurer des antimicrobiens courants dans leur magasin de fournitures agricoles local.

La raison de ce changement est que les experts en santé publique, tels que ceux de l'Infectious Disease Society of America, estiment que si la société ne sévit pas contre l'utilisation des antimicrobiens, la résistance aux antimicrobiens continuera à avoir des effets graves sur la santé humaine et animale.

C'est là que le bât blesse.

L'IDSA indique sur son site web que « la relation entre les infections résistantes aux antibiotiques chez l'homme et l'utilisation d'antibiotiques dans l'agriculture est complexe, mais bien documentée. Un grand nombre de preuves scientifiques irréfutables démontrent que l'utilisation d'antibiotiques dans l'agriculture contribue à l'émergence de bactéries résistantes et à leur propagation chez l'homme. »

M. Claas Kirchhelle, passionné d'histoire et professeur à l'Université de Dublin en Irlande, a écrit un livre, intitulé Pyrrhic Progress (progrès à la Pyrrhus), sur l'utilisation des antimicrobiens dans l'agriculture. Bien que ce livre soit principalement axé sur les exploitations agricoles britanniques, il s'attaque également aux États-Unis. Le premier chapitre, intitulé « The sound of coughing pigs » (le bruit des porcs qui toussent), raconte la nécessité d'utiliser des antimicrobiens dans l'agriculture, tandis que les chapitres suivants – « Picking one's poison » (choisir son poison), « Chemical cornucopia » (corne d'abondance chimique) et, mon préféré, « Toxic priorities » (priorités toxiques) – décrivent l'explosion de la popularité des antimicrobiens et la priorité accordée à la résolution des problèmes lorsque nous avons réalisé les effets que l'utilisation massive d'antimicrobiens pouvait avoir.

Pour nous, agriculteurs, nous avons l'impression d'être blâmés pour la résistance aux antimicrobiens. Nous avons utilisé des antimicrobiens qui ont été commercialisés à notre intention et maintenant nous devons en payer le prix ?

L'agriculture nourrit le monde et les gens ne veulent pas avoir peur de ce qu'ils mettent dans leur assiette. Bien sûr, il faut s'interroger sur les médicaments que l'on met dans son corps, mais personne ne veut être obsédé de la sorte par la nourriture qu'il consomme.

Suivez-moi, nous allons mettre le feu aux poudres !

Les agriculteurs et les éleveurs d'aujourd'hui font déjà preuve d'une grande prudence dans l'utilisation des antimicrobiens, mais quel est le problème lorsqu'il est possible d'acheter des antimicrobiens en vente libre ? La FDA n'a aucune trace de qui les a achetés et pourquoi. Pour les antimicrobiens vendus exclusivement sur ordonnance, la FDA peut savoir où vont les produits, et quelle quantité les gens utilisent ; et il y a une plus grande confiance dans le fait qu'ils sont utilisés correctement puisqu'ils ne sont distribués que par un vétérinaire ayant une formation professionnelle connue.

Mais le problème n'est pas que les agriculteurs ne savent pas comment utiliser les antimicrobiens de manière responsable, c'est qu'en raison du potentiel de résistance aux antimicrobiens, nous avons vraiment un temps limité avec les antimicrobiens à notre disposition – ils peuvent trop rapidement ne plus être assez efficaces pour qu'on puisse s'y fier.

Dans le monde médical, il existe un phénomène appelé « vide de découverte », qui correspond à une période comprise entre 1987 et le milieu des années 2000, au cours de laquelle aucune nouvelle classe d'antimicrobiens n'est apparue dans les pharmacies.

Les classes d'antimicrobiens sont la « base » de l'antimicrobien. On peut comparer les classes antimicrobiennes à la farine que nous utilisons comme base pour la pâtisserie. Il y a la farine de blé, la farine enrichie (qui reste du blé), la farine de blé complet (qui reste du blé) et de nombreux autres types de farine qui sont tous du blé. On peut en faire des millions de pains différents, mais le blé est du blé, et c'est ce que nous avons.

Pour mieux comprendre, le vaccin contre la grippe est différent chaque année parce que les virus qui causent la grippe ne sont pas les mêmes d'une année à l'autre. Pourtant, nous utilisons la même poignée de médicaments antimicrobiens depuis plus de 30 ans !

L'OMS a abordé cette question dans un article paru en 2022, indiquant que depuis 2017, l'utilisation de 12 nouveaux antimicrobiens a été approuvée, mais que 10 d'entre eux appartiennent à la même classe.

Dans le même article, l'OMS écrit : « Il faut actuellement environ 10 à 15 ans pour faire passer un candidat antibiotique du stade préclinique au stade clinique. Pour les antibiotiques des classes existantes, en moyenne, seul un médicament sur 15 en cours de développement préclinique atteindra les patients. Pour les nouvelles classes d'antibiotiques, seul un candidat sur 30 atteindra les patients. »

Revenons maintenant à l'agriculture. L'agriculture a une histoire difficile avec l'utilisation des antimicrobiens, et nous sommes en train d'y remédier. Mais nous sommes à la merci de la médecine. Nous devons être très prudents avec l'utilisation des antimicrobiens pour deux raisons. Tout d'abord, il serait irresponsable d'abuser des antimicrobiens ; ensuite, nous produisons de la nourriture pour tout le monde, et nous jouons donc un rôle important dans la résistance aux antimicrobiens dans le monde entier.

Dans tout cela, il est important de reconnaître que si la pénicilline destinée à une vache et à une personne appartient à la même classe d'antimicrobiens, la formule du médicament sera légèrement différente. Ainsi, si nous avons des vaches résistantes à la pénicilline, on pense que cela peut avoir un effet à terme si les gens consomment leur viande et leur lait.

On ne sait pas exactement comment la résistance aux antimicrobiens chez les animaux affecte la résistance chez l'homme, mais ce que nous savons, c'est qu'il n'y a jamais de résidus d'antibiotiques dans les produits d'origine animale. Les produits d'origine animale sont soumis à des tests de détection de résidus avant d'être autorisés à être transformés, ce qui garantit la sécurité de notre approvisionnement alimentaire.

Cela s'explique en partie par le fait que les antimicrobiens disponibles dans les exploitations agricoles sont assortis d'un « délai d'attente » défini, qui indique à l'agriculteur pendant combien de temps l'antimicrobien reste dans l'organisme de l'animal. L'étiquette d'un médicament appelé Duramycin (classe des tétracyclines) indique que le lait d'une vache peut être consommé 96 heures après le traitement et que sa viande peut être consommée si elle est abattue 28 jours après le traitement. Ces lignes directrices aident les agriculteurs à prendre des décisions sur les traitements à administrer aux animaux.

Certains aliments pour bétail contiennent également des composés « semblables à des antibiotiques », appelés ionophores, qui ne sont pas liés à la santé humaine car ils n'affectent que les bactéries naturellement présentes dans le rumen (le rumen est le principal compartiment de l'estomac des ruminants tels que les vaches et les chèvres). Ces ionophores favorisent les bactéries qui créent plus d'énergie disponible pour l'animal, ce qui permet à celui-ci d'avoir besoin de moins d'aliments et d'être plus efficace.

Bien que ces ionophores semblent un peu bizarres, de nombreuses recherches sont menées sur la manière de jouer avec les bactéries dans l'estomac du bétail pour atteindre des objectifs d'efficacité et même des objectifs environnementaux. Alors que l'industrie laitière se rapproche de son objectif d'une production nette zéro d'ici à 2050, elle s'efforce d'utiliser des additifs alimentaires qui inactivent les microbes présents dans l'intestin des vaches et qui produisent du méthane. Ces ionophores n'affectent pas les humains et ne sont donc pas « médicalement importants » pour eux.

C'est à nous de continuer à améliorer notre utilisation des antimicrobiens et de faire pression pour que davantage de recherches soient menées à leur sujet. Il est également de notre responsabilité, en tant qu'agriculteurs, de réduire notre besoin d'utiliser des antimicrobiens. Avec des installations, des aliments et de l'eau propres, et des protocoles de vaccination progressifs, il devrait y avoir moins d'animaux malades. Plus nous nous efforçons de prévenir les maladies, moins nous aurons besoin d'utiliser des traitements.

Pour en savoir plus sur la résistance aux antimicrobiens, n'hésitez pas à discuter avec votre vétérinaire et les experts locaux en vulgarisation. Pour l'instant, nous devons respecter des restrictions de plus en plus strictes en matière d'antimicrobiens parce que, dans l'ensemble, il s'agit d'une crise qui nous dépasse. Nous avons la possibilité de changer l'histoire des antimicrobiens en soutenant les efforts visant à mettre fin à la résistance microbienne.

Le Département Américain de l'Agriculture répond à de nombreuses questions fréquemment posées et propose des liens vers des travaux de recherche sur sa page d'aperçu de la résistance aux antimicrobiens, qui constitue une excellente ressource pour se tenir au courant.

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* Elizabeth Maslyn est née et a grandi dans une ferme laitière du nord de l'État de New York. Sa passion pour l'agriculture l'a poussée à partager les histoires des agriculteurs avec tous les consommateurs et à promouvoir l'agriculture dans tout ce qu'elle fait. Elle s'efforce d'améliorer les connaissances en matière d'alimentation au sein de sa communauté et souhaite partager les histoires de ses agriculteurs locaux.

Source : Antimicrobial resistance: How it is entwined with agriculture | AGDAILY

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