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Agriculture, alimentation, santé publique... soyons rationnels

« Une percée : Un test unique cible toutes les infections bactériennes connues »

25 Octobre 2018 , Rédigé par Seppi Publié dans #Albert Amgar, #Santé publique

« Une percée : Un test unique cible toutes les infections bactériennes connues », source communiqué de la Columbia University Mailman School of Public Health du 23 octobre 2018.

 

Albert Amgar*

 

 

La plateforme de médecine de précision développée au Center for Infection and Immunity est 1.000 fois plus sensible que les méthodes de dépistage classiques et peut détecter les signes de résistance aux antibiotiques.

 

Des scientifiques du Center for Infection and Immunity (CII) de la Columbia University Mailman School of Public Health ont mis au point la première plate-forme de diagnostic capable de détecter simultanément toutes les bactéries pathogènes humaines connues, ainsi que les marqueurs de la virulence et de la résistance aux antibiotiques. Une étude dans la revue mBio fournit des détails sur les performances de la plate-forme BacCapSeq.

 

 

Les membres de l'équipe BacCapSeq. De gauche à droite : W. Ian Lipkin, Adam Price, Lokendra Chauhan, Thomas Briese, Cheng Guo, Orchid Allicock.

 

 

« Une fois approuvé pour une utilisation en clinique humaine, BacCapSeq fournira aux médecins un outil puissant pour dépister rapidement et précisément toutes les bactéries pathogènes connues, y compris celles qui causent une septicémie, la troisième cause de décès aux États-Unis », a déclaré le premier auteur, Orchid M. Allicock, chercheuse en post-doc au CII. « Cette plate-forme est 1.000 fois plus sensible que les tests non biaisés traditionnels, à un niveau comparable aux tests qui permettent de cibler une bactérie à la fois. »

 

Actuellement, la méthode la plus couramment utilisée pour savoir s’il y a une septicémie peut prendre jusqu'à trois jours, voire plus longtemps pour fournir des informations sur la résistance aux antibiotiques. Pendant que les médecins attendent un résultat, ils prescrivent généralement des antibiotiques à large spectre, une pratique qui contribue au développement de la résistance aux antibiotiques. BacCapSeq fournit des résultats en 70 heures, mais les chercheurs pensent que la plate-forme sera plus rapide avec les progrès de la puissance de calcul.

 

Selon les estimations du Forum économique mondial, chaque année, 100.000 personnes aux États-Unis et 700.000 dans le monde souffrent d'infections résistantes aux antibiotiques, le fardeau le plus lourd des pays en voie de développement. Selon le Center for Disease Control and Prevention des Etats-Unis, l’impact annuel direct de la résistance aux antibiotiques aux États-Unis s’élève à 20-35 milliards de dollars, avec une perte de productivité supplémentaire de 35 milliards de dollars. En l'absence d'une réponse efficace pour limiter la croissance future de la résistance aux antibiotiques, le défi continuera d’augmenter. La Banque mondiale a publié un rapport en 2017 prévoyant un impact sur le PIB compris entre 1.100 et 3.400 milliards de dollars.

 

BacCapSeq contient 4,2 millions de sondes génétiques utilisées pour détecter la signature ADN de l’ensemble des 307 bactéries pathogènes, ainsi que des biomarqueurs pour la résistance aux antibiotiques et la virulence. Chaque sonde se lie à une séquence correspondante : quand une bactérie et un biomarqueur particuliers sont présents dans un échantillon, un processus magnétique « extrait » les séquences uniques, qui peuvent ensuite être utilisées pour identifier la bactérie et ses caractéristiques. À ce jour, même les systèmes les plus avancés par PCR multiplexe ne peuvent détecter que 19 bactéries pathogènes et aucun ne peut évaluer la virulence et la résistance aux antimicrobiens.

 

Dans le cadre de cette étude, les chercheurs évaluent les performances de BacCapSeq de différentes manières : en utilisant l'acide nucléique provenant de sang enrichi en ADN de plusieurs bactéries différentes, de sang enrichi en cellules bactériennes, d’échantillons de culture de sang et des échantillons de sang de patients présentant un sepsis inexpliqué. Dans chaque cas, les performances de la plate-forme dépassaient les méthodes traditionnelles, détectant parfois des infections non détectées par les méthodes alternatives. Dans un cas, le test a impliqué la bactérie Gardnerella vaginalis, qui n’est que rarement associée à une maladie grave, en tant que cause de sepsis inexpliqué chez un individu vivant avec le VIH/SIDA.

 

BacCapSeq est un complément à VirCapSeq, un test similaire mis au point par CII pour dépister toutes les infections virales humaines connues. Des études récemment publiées ont rendu compte de la performance de ce test en Tanzanie et en Ouganda. Un test de diagnostic différentiel des infections fongiques est en cours de développement.

 

« L'intelligence microbiologique doit faire partie intégrante de la médecine de précision », a déclaré W. Ian Lipkin, directeur du CII et professeur d'épidémiologie à Columbia Public Health. « Un diagnostic différentiel précoce et précis des maladies infectieuses et la connaissance des profils de sensibilité aux antibiotiques réduiront la mortalité, la morbidité et les coûts des soins de santé. »

 

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* Albert Amgar a été pendant 21 ans le dirigeant d'une entreprise de services aux entreprises alimentaires ; il n'exerce plus aujourd'hui, car retraité. Au travers de son blog il nous a livré des informations dans le domaine de l’hygiène et de la sécurité des aliments. Désormais, je l'accueille avec plaisir.

 

 

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