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Agriculture, alimentation, santé publique... soyons rationnels

Les antibiotiques utilisés chez les animaux modifient-ils le microbiome du sol ?

13 Mai 2018 , Rédigé par Seppi Publié dans #Albert Amgar, #Article scientifique

Les antibiotiques utilisés chez les animaux modifient-ils le microbiome du sol ?

 

Albert Amgar*

 

 

« Les antibiotiques utilisés chez les animaux modifient le microbiome du sol », source article de Julie Wolf paru dans ASM News.

 

La pratique courante de traiter les animaux d'élevage avec des antibiotiques a conduit à la sélection et la propagation des bactéries résistantes aux antibiotiques et une résistance accrue dans des infections cliniques humaines.

 

Mais qu'en est-il des antibiotiques non absorbés par l'animal traité ou ses microbes ?

 

Les antibiotiques utilisés chez le bétail peuvent avoir un effet encore plus important sur l'agriculture que ce que l'on pensait précédemment, en affectant les microbes du sol des cultures traitées avec du fumier contenant des antibiotiques résiduels. Un nouvel article paru dans Applied and Environmental Microbiology démontre que l'exposition aux antibiotiques modifie spécifiquement la population de Bradyrhyzobium qui fait partie des nodules fixateurs d'azote de cultures comme le soja.

 

Le titre de l’article est « Long-Term Exposure of Agricultural Soil to Veterinary Antibiotics Changes the Population Structure of Symbiotic Nitrogen-Fixing Rhizobacteria Occupying Nodules of Soybeans (Glycine max» (l’exposition au long terme de sols agricoles aux antibiotiques vétérinaires modifie la structure de la population des rhizobactéries symbiotiques des nodules fixateurs d'azote de soja (Glycine max)).

 

Le soja est une légumineuse qui constitue une source de nourriture importante pour l’homme et l’animal. Ici, le premier auteur, Cécile Revellin, et le scientifique sénior Edward Topp, ont observé les populations de Bradyrhizobium dans des parcelles de sol traitées annuellement depuis 1999 avec un mélange d'antibiotiques semblables à ceux retrouvés dans le fumier de porc. L'équipe scientifique a étudié si le traitement de près de 20 ans a changé les différentes espèces de Bradyrhizobium présentes.

 

Pour ce faire, ils ont amplifié et lu la séquence RSα présente chez la plupart des espèces de Bradyrhizobium qui nodulent le soja, à partir de quatre sols différents : un sol non traité et trois parcelles traitées avec des concentrations faibles, intermédiaires ou élevées d'antibiotiques (voir figure ci-dessous).

 

 

Distributions de l’empreinte génétique de la séquence RSα d'isolats obtenus à partir de plantes cultivées dans des parcelles recevant les traitements antibiotiques indiqués.

A noter que le séquençage de la séquence RSα permet de caractériser les souches de Bradyrhizobium.

 

 

Les sols traités aux antibiotiques ont tous montré des proportions plus élevées de B. liaoningense que sur les sols non traités, mais les bactéries exposées aux antibiotiques n'ont montré aucune différence dans la résistance aux antibiotiques. Les auteurs émettent l'hypothèse qu'en plus des effets antibactériens potentiels, les antibiotiques peuvent agir sur les plantes pour modifier les interactions plante-microbes dans la rhizosphère.

 

Les espèces de Bradyrhizobium fixent l'azote atmosphérique et le fournissent à leur plante hôte, mais différentes espèces de Bradyrhizobium ont des fonctions métaboliques spécialisées conférées par des séquences génomiques et plasmidiques uniques. L'équipe de recherche prévoit d'étudier les effets fonctionnels de ces antibiotiques pour voir si différentes compositions d'espèces entraînent des différences dans la fixation de l'azote et la croissance subséquente des plantes. Comprendre le rôle joué par les antibiotiques dans la composition microbienne du sol complexe peut aider à protéger la santé des plantes et améliorer les rendements des cultures.

 

Traiter le sol directement avec des antibiotiques peut ne pas imiter la façon dont les antibiotiques présents dans du fumier influent sur la composition de la rhizosphère, et les auteurs espèrent creuser la question dans des futures études.

 

______________

 

* Albert Amgar a été pendant 21 ans le dirigeant d'une entreprise de services aux entreprises alimentaires ; il n'exerce plus aujourd'hui, car retraité. Au travers de son blog il nous a livré des informations dans le domaine de l’hygiène et de la sécurité des aliments. Désormais, je l'accueille avec plaisir.

 

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