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Agriculture, alimentation, santé publique... soyons rationnels

Un groupe de recherche italien sous enquête pour fabrication de données

19 Janvier 2016 , Rédigé par Seppi Publié dans #OGM, #Activisme, #Article scientifique

Un groupe de recherche italien sous enquête pour fabrication de données

 

Karl Haro von Mogel*

 

Le Pr Federico Infascelli est au centre d'une enquête déontologique © Associazione SUR

 

 

Un scandale est en gestation et menace de saper les allégations de risques extraordinaires posés par les plantes génétiquement modifiées. Un groupe de recherche dirigé par le professeur italien Federico Infascelli à l'Université de Naples « Federico II » vient de voir un de ses articles examiné par les pairs rétracté par la revue pour plagiat ; mais plusieurs sources prédisent que ce n'est que le début. Plusieurs analyses suggèrent que le groupe a manipulé les résultats de leurs recherches, y compris en fabriquant peut-être des images de gels utilisées dans les articles. Les articles de ce groupe de recherche ont été largement invoqués pour faire valoir dans la sphère politique que les plantes génétiquement modifiées sont dangereuses, y compris par le Dr Infascelli lui-même. Biology Fortified suivra cette histoire de près et fournira des informations au fur et à mesure des événements.

 

Les recherche du Pr Infascelli ont porté sur la détection de l'ADN d'aliments génétiquement modifiés (aussi connus comme GM ou OGM) dans les tissus des animaux qui les consomment. Son groupe a publié plusieurs études affirmant que cela est possible ; toutefois, une analyse par le Dr Layla Katiraee sur le Blog Biofortified montre que la preuve en est faible. La reproductibilité indépendante, par d'autres groupes de recherche, est d'une importance capitale dans la science (pour plus d'informations, voir la nouvelle infographie de Biology Fortified sur l'évaluation des études d'alimentation), et la discordance entre les résultats de l'équipe Infascelli et la littérature scientifique plus large était inexplicable. En outre, selon des données supplémentaires publiées par le groupe, le lait de chèvres nourries avec des aliments à base de soja GM était différent sur le plan nutritionnel, avec des conséquences pour la santé des chevreaux ; ou encore le maïs Bt avait des caractéristiques différentes de fermentation par rapport au maïs conventionnel. Ce ne fut qu'après que le Dr Infascelli eut témoigné devant le Sénat italien à propos de ses recherches que celles-ci commencèrent à se désagréger.

 

Le Pr Elena Cattaneo a découvert des images dupliquées et modifiées dans les publications du Pr Infascelli. Image de Cattaneo Lab

 

Selon plusieurs articles de presse italiens, Infascelli a été invité à parler devant le Sénat italien à propos de ses recherches le 8 juillet 2015 (vidéo) ; était également présente le Pr Elena Cattaneo de l'Université de Milan. Le Dr Cattaneo, dont le principal domaine de recherche concerne la dystrophie musculaire et les cellules souches et qui est aussi sénatrice italienne à vie, a trouvé sa présentation peu convaincante et a voulu lui poser quelques questions sur ses affirmations.

 

Elle a publié ses questions sous la forme d'une lettre ouverte, qui reprenait également les déclarations qu'il avait faites lors de la séance du Sénat. La lettre a été ignorée par le Dr Infascelli. C'est alors qu'elle a décidé d'examiner de plus près les études en les imprimant, et que les preuves d'une éventuelle manipulation de photographies sont apparues.

 

 

Des images dupliquées et modifiées

 

Comme les empreintes digitales, les gels d'ADN contiennent des détails uniques qui identifient chaque gel. Ces détails peuvent peuvent contribuer à l'identification de manipulations de données.

 

En lisant attentivement les articles, le Dr Cattaneo a trouvé qu'une image a été reproduite d'une publication à l'autre, alors même que selon les légendes des figures les images se rapportaient à des expériences différentes. En raison de la texture granuleuse du papier recyclé qu'elle avait utilisé pour l'impression, elle a remarqué qu'une bande de « contrôle négatif » critique avait été effacée de l'image copiée. La bande de contrôle de la copie ne présentait pas le bruit de fond caractéristique des gels d'ADN.

 

Image composite de deux photographies, l'une de Tudisco et al., 2010 et l'autre, vraisemblablement un double, de Tudisco et al., 2015. Les flèches ont été ajoutées par la source de l'image. (Sources: présentations de PubPeer.)

 

Les témoins négatifs sont inclus sur un gel d'ADN pour s'assurer que l'ADN détecté n'est pas le résultat d'une contamination – un problème fréquent dans ce type de recherche. La modification de la bande de contrôle pourrait être une tentative de cacher une contamination. La quasi-identité des deux images et les altérations apparentes peuvent être rendues plus visibles après numérisation en modifiant la luminosité ou les couleurs, et en inversant les images.

 

D'autres scientifiques ont publié quelques analyses préliminaires des images de quatre des études d'Infascelli, y compris celle mentionnée ci-dessus, sur PubPeer 1(lien), 2, 3 et 4. PubPeer est un site de « club de lecture en ligne » qui permet aux scientifiques et à d'autres de commenter les études après leur publication, les observations étant anonymes. Celles-ci montrent plusieurs images qui semblent être des doublons légendés différemment dans différents articles.

 

Voici, à gauche, une image composite de la figure de Tudisco et al. (2010) et de son double de Tudisco et al. (2015), avec des flèches soulignant les caractéristiques uniques du gel trouvées dans les deux figures. Dans la première image, la légende de la figure affirme que les bandes correspondent à de l'ADN amplifié tiré d'échantillons de colostrum, alors que pour la seconde image, selon la légende de la figure, les bandes 1 et 2 sont de l'ADN tiré du lait, et les bandes 3 et 4, du sang. En inversant la seconde image, on obtient la preuve de la suppression numérique de la bande de contrôle négatif. (Source : anonyme, PubPeer.)

 

Certaines images montrent des bandes d'ADN presque identiques dans des positions différentes sur différents gels, ce qui suggère que les images ont peut-être été modifiées pour faire croire que les gels montrent quelque chose qu'en fait ils ne montrent pas. Ils présentent aussi des régions de pixels sans bruit de fond – ce qui suggère qu'ils pourraient avoir été effacés avec un programme de retouche d'images. Les gels d'ADN contiennent des défauts uniques qui peuvent indiquer qu'il y a eu manipulation de données. D'autres images présentent des bandes ajoutées ou retirées par rapport à des images de gel identiques.

 

 

Un retrait, peut-être d'autres à venir

 

Les comités de rédaction des revues scientifiques ont été lents à réagir et un seul – Food and Nutrition Sciences – a pris une action publique à ce jour. Avant que le Dr Cattaneo ait sonné l'alarme, au moins deux autres scientifiques avaient déjà alerté ce journal de la présence d'images dupliquées et modifiées, mais leurs démarches n'avaient reçu aucune réponse de la part de la revue.

 

L'éditeur de la revue Food and Nutrition Sciences, du groupe Scientific Research Publishing (SCIRP), est sur la liste de Beale des « éditeurs de revues académiques en libre accès potentiellement, possiblement ou probablement prédateurs ». La Liste de Beale est généralement considérée comme une compilation crédible de revues fonctionnant vraisemblablement sur le mode « payer pour publier » dans lesquelles les chercheurs peu scrupuleux peuvent publier des études qui ne résisteraient probablement pas à un examen par les pairs pour des revues plus réputées. Après que le Dr Cattaneo a contacté la revue avec son témoignage, le journal a retiré Mastellone et al., 2013, et ce, le 15 décembre 2015, mais a publié une déclaration de retrait qui affirmait que le retrait était dû à un « auto-plagiat » et une « erreur commise de bonne foi », et ce, malgré une possible altération de la figure 1a. Par coïncidence, le Dr Infascelli est également membre du comité de rédaction de la revue.

 

Image composite montrant les caractéristiques uniques du gel de l'image originale qui se retrouvent dans l'image dupliquée. Remarquez le changement de numérotation des bandes. Les flèches ont été ajoutées par la source. (Source : contribution à PubPeer.)

 

Les preuves par les images publiées à ce jour impliquent quatre études dans quatre revues différentes. Les revues qui ont publié les trois autres études n'ont pas encore fait de déclarations et ont fourni peu d'informations aux scientifiques qui les ont contactées au sujet de ces allégations. Nous vous fournirons plus d'informations dès qu'elles seront disponibles.

 

Dr Enrico Bucci, BioDigitalValley

 

La recherche se poursuit

 

Le Dr Cattaneo s'est associée à Enrico Bucci, de BioDigitalValley, une entreprise qui analyse les données scientifiques et a contribué à la mise en évidence de cas de fraude précédents en matière de recherche. Ils examinent toutes les études publiées par le groupe de recherche du Dr Infascelli. Le rapport complet de BioDigitalValley n'a pas encore été publié, mais plusieurs sources disent que les erreurs vont au-delà de quelques images.

 

Le Dr Cattaneo a contacté l'Université de Naples directement pour signaler la fraude présumée, et une enquête a déjà commencé au niveau de l'Université. Prenant ces allégations au sérieux, ils ont convoqué un comité d'experts de l'éthique, de la biologie moléculaire et des sciences vétérinaires pour chercher des explications aux faits constatés. L'Université n'a pas encore publié ses conclusions, mais les rapports qui ont fuité suggèrent que les problèmes sont très graves et pourraient ne pas être des erreurs commises de bonne foi.

 

La fraude présumée a été initialement rapportée au Pr Luigi Zicarelli, le directeur du département. L'Université cherche des réponses à la question de savoir pourquoi il n'a pas réagi.

 

La recherche de preuves supplémentaires de la manipulation d'images continue ; elle bénéficiera d'une enquête plus large par les membres de la communauté scientifique. Voici une liste des publications pertinentes de ce groupe. (Allez ici pour une liste plus complète des citations de ce groupe de recherche.) Le texte en rouge renvoie à des articles présentant des problèmes de données ou d'images qui ont déjà été identifiés. Si vous trouvez des anomalies supplémentaires, veuillez les signaler dans les commentaires sur Biofortified.

 

 

Liste des Publications

 

  1. V. Mastellone, R. Tudisco, G. Monastra, M. E. Pero, S. Calabrò, P. Lombardi, M. Grossi, M. I. Cutrignelli, L. Avallone, F. Infascelli.  (2013)  Gamma-Glutamyl Transferase Activity in Kids Born from Goats Fed Genetically Modified Soybean. Food and Nutrition Sciences, 4:50-54 RETRACTED DOI: 10.4236/fns.2013.46A006

  2. Marrelli, M., Tudisco, R., Mastellone, V., & Conforti, F. (2013). A comparative study of phytochemical composition of genetically and non-genetically modified soybean (Glycine max L.) and evaluation of antitumor activity. Natural Product Research, 27(6), pp. 574-578. DOI: 10.1080/14786419.2012.673607

  3. Piccolo, G., Centoducati, G., Marono, S., Bovera, F., Tudisco, R., & Nizza, A. (2011). Effects of the partial substitution of fish meal by soy bean meal with or without mannanoligosaccharide and fructooligosaccharide on the growth and feed utilization of sharpsnout seabream, Diplodus puntazzo (Cetti, 1777): preliminary results. Italian Journal of Animal Science, 10(3), pp. 195-199. DOI: 10.4081/ijas.2011.e37

  4. Tudisco, R., Calabro, S., Bovera, F., Cutrignelli, M. I., Nizza, A., Piccolo, V., & Infascelli, F. (2010). DETECTION OF PLANT SPECIES-SPECIFIC DNA (BARLEY AND SOYBEAN) IN BLOOD, MUSCLE TISSUE, ORGANS AND GASTROINTESTINAL CONTENTS OF RABBIT. World Rabbit Science, 18(2), pp. 83-90. DOI: 10.4995/WRS.2010.18.11

  5. Tudisco, R., Calabrò, S., Cutrignelli, M. I., Moniello, G., Grossi, M., Mastellone, V., Lombardi, P., Pero, M. E., & Infascelli, F. (2015). Genetically modified soybean in a goat diet: Influence on kid performance. Small Ruminant Research(0), pp. 67-74 DOI: 10.1016/j.smallrumres.2015.01.023

  6. Tudisco, R., Cutrignelli, M. I., Bovera, F., Calabro, S., Piccolo, G., D’Urso, S., & Infascelli, F. (2007). Influence of the concentrate pellet process on the fate of feed plant DNA in the rabbit. Veterinary Research Communications, 31, pp. 409-412DOI: 10.1007/s11259-0068-6

  7. Tudisco, R., Cutrignelli, M. I., Calabro, S., Guglielmelli, A., & Infascelli, F. (2007). Investigation on genetically modified soybean (RoundUp Ready) in goat nutrition: DNA detection in suckling kids. Italian Journal of Animal Science, 6, pp. 380-382.DOI: 10.4081/ijas.2007.1s.380

  8. Tudisco, R., Lombardi, P., Bovera, F., d’Angelo, D., Cutrignelli, M. I., Mastellone, V., Terzi, V., Avallone, L., & Infascelli, F. (2006). Genetically modified soya bean in rabbit feeding: detection of DNA fragments and evaluation of metabolic effects by enzymatic analysis. Animal Science, 82, pp. 193-199. DOI: 10.1079/ASC200530

  9. Tudisco, R., Mastellone, V., Cutrignelli, M. I., Lombardi, P., Bovera, F., Mirabella, N., Piccolo, G., Calabro, S., Avallone, L., & Infascelli, F. (2010). Fate of transgenic DNA and evaluation of metabolic effects in goats fed genetically modified soybean and in their offsprings. Animal, 4(10), pp. 1662-1671 DOI: 10.1017/S1751731110000728


Anastasia Bodnar a contribué à cet article.

 

Mise à jour du 18 janvier 2016 : Retraction Watch and Nature News ont tous deux publié des articles sur la controverse ; l'analyse d'images d'Enrico Bucci a également été publiée.

 

________________

 

*  Karl Haro von Mogel a obtenu un Ph.D en amélioration des plantes et en génétique végétale de l'UW Madison, avec une mineure en communication sur les sciences de la vie. Sa thèse a porté sur la génétique du maïs doux et la vulgarisation en matière de génétique végétale. Il est actuellement généticien dans la recherche publique à Madison, WI. Son légume favori pourrait être la courge.

 

Source : http://www.biofortified.org/2016/01/italian-research-group-subject-of-data-fabrication-probe/

 

 

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