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Agriculture, alimentation, santé publique... soyons rationnels

Étude de Séralini sur la contamination des aliments pour animaux de laboratoire :

23 Décembre 2015 , Rédigé par Seppi Publié dans #Article scientifique, #Gilles-Éric Séralini, #Mary Mangan

Étude de Séralini sur la contamination des aliments pour animaux de laboratoire :

 

PLOS sous les feux de la critique pour ne pas avoir suivi ses propres directives sur l'accès aux données

 

Mary Mangan*

 

 

« De deux choses l’une, ou le puits était vraiment bien profond, ou elle tombait bien doucement ; car elle eut tout le loisir, dans sa chute, de regarder autour d’elle et de se demander avec étonnement ce qu’elle allait devenir. »

 

Lewis Carroll, Alice au pays des merveilles

 

Dans les milieux de l'édition d'aujourd'hui, il y a une gamme d'options pour faire publier des études, parmi les éditeurs universitaires qui appliquent différents niveaux de rigueur dans leurs attentes et l'application de politiques en matière de partage des données utilisées dans la rédaction des études. L'accès aux données est devenu crucial, car de plus en plus de grands ensembles de données ne sont pas toujours clairement présentés dans l'environnement de l'édition traditionnelle ; seules des parties des données peuvent être incluses dans la partie narrative de l'article.

 

Mais avec Internet, il est maintenant plus facile de fournir des fichiers complémentaires ou d'indiquer des dépôts de données pour de grands ensembles de résultats sous-jacents. Cela permet aux lecteurs de jeter un regard indépendant sur les données factuelles de base, et d'analyser les interprétations des chercheurs impliqués. Certaines revues sont particulièrement efficaces dans leurs procédures par lesquelles les données et le code sur lesquels se fonde une étude sont mis à la disposition des lecteurs qui souhaitent les consulter pour mieux comprendre les allégations qui sont faites dans l'étude, ou qui pourraient vouloir réexaminer ou développer les travaux.

 

Une politique particulièrement admirable est celle des revues de PLOS. Cet éditeur en Open Access déclare que sa politique est de rendre la science accessible à tous, avec un « accès sans restriction et une réutilisation sans restriction ». Cet engagement, couplé avec des règles fermes et bien définies de « disponibilité des données », devrait faire que les données relatives à une étude publiée soient facilement disponibles pour les lecteurs. Leurs politiques déclarées comprennent cette déclaration très claire :

 

« Les revues PLOS exigent des auteurs qu'ils rendent entièrement disponibles toutes les données sous-jacentes aux résultats décrits dans leur manuscrit, sans restriction, à de rares exceptions près. »

 

PLOS décrit de nombreuses façons de rendre les données disponibles afin de se conformer à cette politique. Les données peuvent être placées dans des dépôts publics ou fournies sous forme de fichiers complémentaires. Ce n'est que dans des cas rares, comme des situations qui empiéteraient sur la vie privée des patients, que des restrictions au partage des données seraient considérées comme des raisons valables de garder confidentiels certains types de données.

 

Mais quand une étude a été publiée dans PLOSOne l'été dernier, et que des lecteurs ont constaté quelques irrégularités et des conclusions curieuses dans le texte, des scientifiques ont commencé à demander à accéder aux données sous-jacentes qui n'étaient pas disponibles avec la publication, à l'encontre de la politiques affichée par PLOS. Et ainsi commença une chute dans un terrier de lapin qui présentait un grand nombre des caractéristiques troublantes du terrier du lapin d'Alice au pays des merveilles.

 

 

La sagaSéralini

 

Le 2 juillet 2015, une équipe dirigée par Gilles-Éric Séralini a publié « Laboratory Rodent Diets Contain Toxic Levels of Environmental Contaminants: Implications for Regulatory Tests ((les aliments pour rongeurs de laboratoire contiennent des contaminants environnementaux : implications pour les tests réglementaires – voir aussi nos propres analyses et commentaires ici, ici, ici et ici).

 

Publié sur PLOSOne. Les chercheurs avaient affirmé qu'ils avaient testé une variété de rations animales pour diverses substances potentiellement contaminantes. Leur analyse a prétendu montrer qu'il y avait des pesticides et des métaux lourds dans les aliments pour animaux de laboratoire à des niveaux qui auraient une incidence sur la santé de l'animal, et qui sapaient par conséquent les conclusions de tous les efforts de recherche passés. Cela a conduit l'équipe à remettre en cause toutes les données de l'expérimentation animale et les effets que ces données avaient pu produire sur les décisions politiques. En fait, c'est une conclusion assez audacieuse :

 

« Toutes ces données prises ensemble invalident l'utilisation des données de témoins historiques et conduisent à s'interroger sur l'utilisation d'au moins 50 rats par groupe dans les études de cancérogénicité. »

 

Affirmer que toutes les données de témoins historiques ne sont pas valides est une accusation grave.

 

Cependant, on s'est immédiatement rendu compte que leurs conclusions ne correspondaient pas très bien à leurs affirmations. Des lecteurs ont relevé des données manquantes, ainsi que des préoccupations concernant les évaluations statistiques. Il s'est ensuivit une demande par des scientifiques d'accès aux données sous-jacentes dès le lendemain de la publication de l'article. Bill Price, un statisticien de l'Université de l'Idaho, a écrit :

 

 

Price a demandé les données pour les échantillons de croquettes testés car les données sommaires fournies étaient insuffisantes pour comprendre comment les données avaient été traitées dans l'analyse. Le « groupe Seralini » a éludé la question de l'accès aux données dans une réponse :

 

« La directive de la Commission européenne 2002/63/CE ne traite pas des répétitions biologiques et des statistiques, mais des méthodes d'échantillonnage. Les mesures ont été effectuées "en un coup" par une méthode validée, comme indiqué dans la partie « matériel et méthodes ». Toutes les données brutes de l'étude sont présentées dans le fichier complémentaire. »

 

Price a insisté en expliquant clairement pourquoi la déclaration des auteurs et les fichiers de données étaient insuffisants, et pourquoi il fallait des données non résumées. Encore une fois, les auteurs ont éludé la question de l'accès aux données, un accès qui était tout ce Price avait demandé. Cela n'a pas été résolu de manière satisfaisante publiquement dans la section des commentaires de PLOSOne associée à l'article.

 

Le 4 juillet, deux jours après la publication, j'avais aussi réagi sur le même fil de commentaires pour demander l'accès aux données parce que j'avais noté qu'un essai pour un herbicide, important pour l'étude, semblait absent des données publiées.

 

« Je suis aussi intéressée par les données brutes pour les pesticides, et a été déçue de voir qu'elles ne sont pas encore incluses. Je suis curieuse de voir si l'omission de glufosinate dans le tableau 1 était juste un oubli, ou s'il n'a vraiment pas été testé. Selon l'article, on n'a pas détecté d'autres herbicides, mais si vous n'en avez pas recherché un qui est utilisé sur les OGM testés, alors il s'agit là d'une déclaration peu digne de confiance. »

 

Dans l'article, l'équipe a affirmé avoir testé les régimes pour voir s'ils contenaient des traits de tolérance au glufosinate : « 3 étaient tolérants au glufosinate ( le maïs DAS1507 et T25, et le colza MS8RF3) ». Mais nous ne disposons pas d'indications sur la présence de l'herbicide glufosinate (aussi connu en Europe comme phosphinothricine) parmi les contaminants testés. Il ne figure pas dans le tableau 1 (tableau 1, doi: 10.1371 / journal.pone.0128429.t001). Un rapide regard sur les données individuelles relatives à chaque échantillon permettrait de clarifier s'il n'a effectivement pas été testé, ou si ce chiffre était juste manquant. Séralini et ses co-auteurs ont écrit:

 

« De fait, le glyphosate et l'AMPA, les seuls résidus d'herbicides détectés, n'ont été trouvés que dans les croquettes contenant des OGM tolérant le Roundup, et aucun herbicide n'a été détecté dans les autres échantillons. »

 

Est-ce vraiment « un point de fait » ? Ou n'avez-vous pas testé pour le glufosinate ? Si vous ne l'avez pas recherché, cette déclaration est une conclusion fausse et doit être corrigée. Si vous l'avez fait, corrigez l'erreur dans le tableau. Et laissez-nous voir les données.

 

Mais il y avait aussi d'autres observations posant problème. Une nouvelle analyse impertinente des données sommaires, effectuée par Andrew Kniss, un chercheur de l'Université du Wyoming, a en fait montré une conclusion tout à fait contraire aux affirmations des chercheurs : la présence d'OGM dans les croquettes a été associée à un danger réduit [nous avons traité de cette analyse ici].

 

 

Pour contester encore davantage les allégations de Séralini, l'alimentation la plus « dangereuse » provenait d'Italie, un pays qui ne cultive pas d'OGM. [Ma note : mais l'Italie peut importer les OGM en question.]

 

Il y avait de nombreuses autres questions liées aux données avec cet article. Les auteurs n'avaient pas fourni une divulgation complète de leurs conflits d'intérêts, ce qui a été corrigé par le personnel éditorial de PLOS. Et des chercheurs familiers avec le type d'analyse déployée dans l'article ont critiqué les méthodes inappropriées et les conclusions qui en ont été tirées. Les allégations trompeuses sur les niveaux de danger et les interactions entre contaminants ont aussi été illustrées par des chercheurs spécialistes du domaine.

 

 

Les éditeurs de PLOS ne répondent pas

 

Pourtant, les données n'avaient toujours pas été communiquées. Si elle l'avaient été, nous aurions pu résoudre quelques-unes des questions en suspens. Et nous serions en mesure de bâtir sur ces données une autre analyse plus précise. La mission officielle de PLOS comprend un engagement en faveur du libre accès, qu'il décrit comme « Open Access (OA) signifie accès sans restriction et réutilisation sans restriction ». Nous demandons simplement cet accès.

 

Après que les demandes publiques furent rejetées par l'équipe de recherche Séralini dans la section des commentaires liée à l'article, j'ai demandé, le 9 juillet, l'aide de l'équipe des données de PLOS. Le 24 juillet, un membre du personnel m'a écrit pour me dire que les auteurs avaient affirmé que tout ce que j'avais demandé était dans les fichiers complémentaires. Je lui ai expliqué que ce n'était pas le cas, pour les raisons illustrées ci-dessus. L'assistant de publication de PLOS a fait remonter la question au rédacteur en chef adjoint, Dr Iratxe Puebla. Le 27 juillet, on m'a fait savoir que la question était en discussion avec le rédacteur universitaire, et que j'allais être informée du résultat. J'ai attendu.

 

À la mi-août, n'ayant rien entendu, j'ai demandé à connaître l'état de la situation. Cette demande a été ignorée. Le 3 septembre, j'ai envoyé une relance. Il n'y a pas eu d'accusé de réception. Le 14 septembre, j'ai demandé à nouveau. Finalement, j'ai obtenu cette réponse :

 

« Je confirme que nous donnons suite à vos préoccupations au sujet de l'article. J'ai contacté le rédacteur académique à propos de vos préoccupations et des questions au sujet de l'ensemble des données, et j'ai pris contact avec les auteurs pour leur demander une réponse aux questions soulevées et des précisions sur les mesures effectuées, ainsi que la nécessité de fournir les données pour toutes les mesures pertinentes . Je suis en attente d'une réponse des auteurs et nous définirons le plan d'action le plus approprié une fois que nous aurons reçu leur réponse. (Iratxe Puebla) »

 

Eh bien, cela semblait prometteur. PLOS semblait comprendre la question et la prenait au sérieux. Le 23 septembre, on m'a dit que l'on avait pris contact avec les auteurs. Mais comme je n'ai toujours pas eu toutes les données, j'en ai conclu qu'ils avaient refusé de les livrer, contrairement à la politique de PLOS.

 

N'ayant pas eu de nouvelles pendant un mois, j'ai relancé à nouveau. Il y eut un silence assourdissant. Le 10 novembre, je fis ma demande finale pour un point de la situation. Le silence pour seule réponse, encore une fois. J'ai offert d'inclure une déclaration du rédacteur de PLOS qui avait été en contact avec moi sur la question dans mes commentaires publics. Aucune déclaration n'a été produite.

 

 

Les régulateurs européens rejettent les affirmations de Séralini pour cause de mauvaise qualité des données

 

Donc, si vous m'avez suivie dans le récit de mon voyage de plusieurs mois dans un terrier de lapin, vous constaterez que nous sommes toujours en train de tomber. Non seulement il n'y a pas de données, mais encore il y a un échec inquiétant de PLOS et de son équipe de rédaction, incapables de faire respecter la politique déclarée de la publication en matière de données. Comme je l'avais indiqué clairement à l'équipe de PLOS, ce travail de recherche était utilisé pour tenter d'influer sur la politique de réglementation, et il est essentiel que le public ait accès aux données. Alors que ce drame se jouait, les prétentions de l'équipe Séralini – que leurs résultats invalidaient les études d'alimentation utilisées pour l'élaboration des règlements – ont été rejetées par les régulateurs européens indépendants, en partie en raison d'une « déclaration incomplète des données ». Pris à son propre piège !

 

Les questions restent posées à l'équipe Séralini. Pourquoi ne fournissez-vous pas les données comme promis et requis par le journal qui vous a publié ? Avez-vous ou n'avez-vous pas testé l'autre herbicide ? Si c'est non, allez-vous corriger vos allégations ? Si c'est oui, allez-vous réparer le tableau erroné ? Y a-t-il d'autres aspects des données qui sont également discutables?

 

Ironie du sort, il n'y a pas si longtemps, l'équipe Séralini a émis cette déclaration fort appropriée quant au libre accès aux données :

 

« Nous demandons un échange libre et transparent des résultats scientifiques, principalement lorsque ceux-ci sont liés à la santé publique et aux risques pour l'environnement. La diffusion publique de ces données brutes montrera si des différences significatives observées entre les groupes de test et les témoins dans les deux études sont cohérentes et si les statistiques sont d'une puissance suffisante dans les deux cas, permettant ainsi la conception d'expériences de suivi appropriées par d'autres, peut-être par le biais d'un protocole publiquement discuté et convenu. (Food and Chemical Toxicology, 2013. doi: 10.1016 / j.fct.2012.11.007) »

 

Et pourtant, quand Séralini a été confronté à la demande de donner suite à ses propres prescriptions en matière de divulgation, il s'est réfugié dans la clandestinité. Hélas ! La transparence pour vous, mais pas pour nous...

 

 

PLOS sous le microscope de l'éthique

 

Il y a aussi des questions pour la rédaction de PLOS. Ce cas très clair reste en suspens depuis de nombreux mois après la publication de l'étude. Demandez-vous vraiment aux chercheurs de fournir leurs données, ou non ?

 

Si c'est non, vous risquez d'être perçus comme un journal qui publie et promeut des études discutables sans exiger de ceux qui les proposent d'apporter des preuves à l'appui de leurs affirmations. Je serais surprise et attristée de savoir que ce fut le cas. J'espère que cela peut encore être résolu de manière appropriée par l'équipe éditoriale.

 

J'admire la philosophie des revues de PLOS, le libre accès au travail et la disponibilité des données pour leur exploitation et réutilisation. Le mois dernier, l'un des fondateurs de PLOS, Michael Eisen, a réaffirmé cette caractéristique importante de leur mission.

 

 

La possibilité d'exploiter les données est un grand succès du libre accès. Et je souhaite au concept de prospérer. Mais il ne suffit pas qu'un article soit en libre accès. Vous devez insister pour que les données soient fournies.

 

 

La responsabilité du chercheur

 

Une question plus importante, cependant, est de savoir ce que nous pouvons faire avec les chercheurs qui présentent des affirmations audacieuses mais n'ouvrent pas leur travail à un examen public. Vers qui pouvons-nous nous tourner lorsque le processus échoue ? Il est déjà assez difficile aujourd'hui de distinguer les revues crédibles des « pay to play » prédateurs, des revues qui publient contre simple paiement. Il nous faut obliger les éditeurs légitimes à respecter leurs propres normes. Ce qui signifie qu'ils doivent insister pour que les chercheurs soient à l'unisson de leurs politiques. Les médias doivent savoir si une histoire qui leur est proposée est légitime ou non. Les organismes gouvernementaux qui prennent les décisions politiques doivent aussi savoir cela. Il y a des effets en aval de ce mauvais comportement.

 

Il devrait y avoir des conséquences. Mais quelle est la voie ? Ou est-ce juste un terrier de lapin profond qui nous fait atterrir dans un endroit où la fiction et l'absurdité sont la règle ? Cela ne devrait pas être le cas. Tant l'équipe Séralini que PLOS ont manqué à leurs obligations à l'égard du public dans cette affaire. Mais ceci peut être corrigé. Il suffit de nous montrer les données.

 

_______________

 

*  Mary Mangan, Ph.D., a fait des études de microbiologie, immunologie, biologie de la cellule végétale et de la cellule de mammifère, biologie du développement, et biologie moléculaire. Elle a co-fondé OpenHelix, il y a plus d'une décennie, offrant une formation sur les logiciels open source associés au domaine en plein essor de la génomique. Les commentaires ci-dessus sont les siens et ne représentent pas l'opinion de son entreprise ou de toute autre société. Vous pouvez communiquer avec Mary via twitter : @mem_somerville.

 

Source : https://www.geneticliteracyproject.org/2015/12/16/seralini-feed-contamination-study-plos-fire-not-following-guidelines-data-access/

 

 

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