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Agriculture, alimentation, santé publique... soyons rationnels

L'abus de méta-analyses nuit-il aux OGM ?

10 Juin 2015 , Rédigé par Seppi Publié dans #OGM, #Article scientifique

L'abus de méta-analyses nuit-il aux OGM ?

À propos de la méta-analyse de Klümper et Qaim

Nous n'avons pas apprécié l'étude de Baranski (Leifert) et al. qui prétendait démontrer – de manière définitive selon une communication que nous avons encore moins appréciée – la supériorité nutritionnelle des aliments issus de l'agriculture biologique ; nous y avons consacré un long billet sur le site Imposteurs [1].

Et nous n'avons guère apprécié « A Meta-Analysis of the Impacts of Genetically Modified Crops » (une méta-analyse des impacts des plantes génétiquement modifiées) de Wilhelm Klümper et Matin Qaim, de l'Université de Goettingen [2].

Cet article est à notre sens un piètre service rendu à la cause du maintien d'une agriculture en perpétuelle quête de solutions à des problèmes agronomiques existants ou émergents, et du développement de l'agriculture et de l'alimentation d'une population mondiale encore loin d'avoir atteint son plafond de croissance. Il est certes appelé à rester relativement confidentiel : concluant à un impact largement positif des PGM, il n'alimentera pas le fond de commerce des marchands d'apocalypse et des colporteurs de biotechnophobie. Mais il peut servir de base à un discours anti-OGM qui exploite la science médiocre comme preuve définitive de la malhonnêteté (alléguée) du monde qui lui déplait.

Il est par conséquent utile que cette étude fasse l'objet d'une critique par des tenants de la rationalité.

En bref

Amalgamant 147 études qualifiées d'originales, les auteurs trouvent :

« En moyenne, l'adoption de la technologie GM a réduit l'utilisation de pesticides chimiques de 37 %, augmenté les rendements de 22 %, et augmenté les profits des agriculteurs de 68 %. Les gains de rendement et la réduction de l'emploi des pesticides sont plus grands pour les plantes résistant à des insectes que pour celles qui tolèrent un herbicide. Les gains de rendement et de profit sont plus grands dans les pays en développement que dans les pays développés. »

Ce qui pose problème ici, outre les pièges de la méta-analyse, ce sont les chiffres.

On notera au passage l'absence de dates.

Une utilisation abusive de la méta-analyse et des statistiques

La méta-analyse se recommande quand la littérature scientifique ne présente pas, sur une question particulière, une vision suffisamment précise, soit que les résultats ne sont pas suffisamment assurés, soit qu'ils sont divergents. En combinant une série d'études indépendantes – au sens premier, et non postmoderne, d'indépendantes les unes des autres – on peut produire une image globale plus claire, ou au moins identifier les convergences et différences et leurs causes, et tout autre élément d'appréciation qui aurait échappé dans les études individuelles. Elle fait largement appel à la statistique, contrairement à l'analyse qualitative.

Les auteurs ont utilisé des études de cas, sur des exploitations agricoles, et des résultats d'essais comparatifs en culture, et ce, sur le soja, le maïs et le cotonnier. On retrouve donc immédiatement deux critiques déjà faites sur l'étude Leifert : l'utilisation de données d'origine et de nature différentes (critique apparemment mineure ici) ; et le biais de sélection issu du choix de trois espèces.

Les auteurs précisent certes que les études d'impact sont trop limitées en nombre pour des espèces telles que le colza, la betterave sucrière et le papayer. Mais la conclusion qu'il fallait en tirer était qu'on ne pouvait tirer de conclusions sur « ...l'adoption de la technologie GM », ni dans l'absolu, ni encore moins sous forme chiffrée.

Le cas du papayer illustre bien cette insuffisance : à Hawaï, l'impact en matière de rendement et de revenu ne se prêtait pas à une évaluation en pourcentage ; le choix était binaire pour les producteurs : pas de production ni de revenu (conventionnel détruit par le virus), ou production et revenu (GM).

On peut également critiquer la couverture a priori mondiale de l'étude, s'agissant de la conclusion générale. Combiner des données des États-Unis d'Amérique et de l'Inde, par exemple, même réduites à une seule espèce, le cotonnier, n'a guère de sens. De surcroît, les auteurs n'indiquent pas clairement comment ils ont fait leurs pondérations spatiales et temporelles.

Ceci mène à un jugement sévère sur la signification des chiffres : quasi nulle. Mais que voulez-vous, l'addiction aux statistiques est un mal difficilement curable.

Or le drame est que la communication – honnête et malhonnête – se focalisera sur les chiffres.

Le biais de sélection

Trois espèces cultivées seulement, 147 études, études largement tirées des tours d'ivoire scientifiques et académiques... mais aussi un nombre limité de pays... le syndrome de la recherche sous le lampadaire.

Un seul exemple : il n'y a qu'une seule étude sur le soja en Argentine, datant de 2005, et aucune sur le Brésil.

L'absence de signification des moyennes...

Problème récurrent ! On peut l'illustrer par le propos tenu par un économiste dans une conférence organisée par la DG Trade de la Commission européenne, pour critiquer vertement les raisonnements économiques fondés sur les grandes rubriques de la nomenclature douanière : « Si je mets un pied dans le four et l'autre dans le congélateurs, en moyenne, je me sens bien ». Ici, on pourrait dire, par exemple : « ...le pied d'un Indien et la main d'un États-Unien »...

De fait, on agglomère des données sur des espèces cultivées différentes (mais pas sur toutes), des événements de transformation différents (mais pas tous), des pays aux conditions agroclimatiques et économiques différentes (mais pas tous), des profils d'exploitations agricoles différents, des stades de développement de la culture de PGM différents...

On peut objecter qu'il y a d'autres constructions statistiques bancales du même tonneau, par exemple le revenu agricole en France. Mais les statistiques, même quand elles sont livrées par une presse pressée, s'accompagnent généralement de détails permettant de relativiser les chiffres (surtout quand l'augmentation des revenus des « céréaliers » d'une année sur l'autre offre une occasion de les stigmatiser). Dans l'étude analysée ici, les éléments d'appréciation sont bien maigres.

De surcroît, l'euro a grosso modo le même pouvoir d'achat en Midi-Pyrénées et en Champagne-Ardenne ; ce n'est pas le cas du dollar monnaie de référence entre par exemple les États-Unis d'Amérique et l'Inde, ou encore entre le latifundiaire et l'agriculteur de subsistance. Le problème est le même pour le point de pourcentage d'augmentation du revenu. Chez l'un c'est le confort qui est augmenté, chez l'autre, le minimum vital ; plus d'aisance, ou moins de pauvreté.

...le problème de la montée en puissance

La montée en puissance des PGM pose un problème particulier. Au début, les variétés-lignées GM disponibles sont peu nombreuses ; ce sont aussi majoritairement des variétés déjà un peu anciennes, dans lesquelles le caractère transgénique aura été introduit par rétrocroisements (backcrossing). Les premières comparaisons peuvent ainsi montrer des rendements inférieurs pour les transgéniques par rapport aux conventionnelles [3]. La médiasphère anti-OGM s'est évidemment emparée de ce phénomène, le « yield drag », pour vilipender et condamner les PGM [4]. Ce décalage dans le progrès génétique est moins net dans le cas des hybrides puisque la lignée contenant le transgène peut être croisée avec n'importe laquelle des lignées existantes, y compris les plus récentes.

Avec l'adoption quasi généralisée des variétés transgéniques, l'effort de création variétale se concentrera sur celles-ci. On devrait donc voir l'effet inverse, les variétés non transgéniques constituant en quelque sorte des fins de série ou des produits de niche.

L'étude de Klümper et Qaim porte sur des études qui portent elles-mêmes pour partie sur la phase initiale d'introduction des variétés transgéniques et pour partie sur le début de la phase de croisière du marché.

On observera aussi que les mauvaises pratiques agronomiques, telles que l'utilisation ininterrompue du glyphosate pour la gestion des mauvaises herbes, peut aussi compromettre les bénéfices tirés du saut technologique de la transgénèse.

Des éléments manquants...

Quiconque lit l'article examiné ici avec un œil critique comprendra aisément qu'il ne couvre pas l'ensemble des données pertinentes. Les comparaisons unitaires par hectare de culture ne peuvent appréhender les bénéfices (et quelques désavantages) indirects induits.

Le profit des agriculteurs n'inclut pas, semble-t-il, celui qui est par exemple tiré de l'augmentation de la surface consacrée à une culture GM devenue plus profitable que les autres ; le revenu supplémentaire tiré d'investissements rendus possibles par les profits issus de la culture GM, par exemple dans l'irrigation ; le revenu supplémentaire tiré d'une culture dérobée devenue possible grâce à la simplification des itinéraires techniques ; ou encore celui tiré d'une nouvelle activité rendue possible par le temps libre dégagé par une PGM de culture plus facile.

À l'inverse, l'impossibilité d'utiliser le glyphosate (ou le glufosinate) pour gérer les repousses du colza HT peut-être un inconvénient affectant la culture suivante.

...mais qu'étudie-t-on vraiment ?...

Les comparaisons hectare pour hectare, à l'unité de surface, posent aussi problème. Les études à la base de la méta-analyse ont-elles bien distingué les effets du caractère transgénique, en tant que tel, des facteurs de confusion ? Ont-elles tenu compte de ces facteurs quand une partie seulement du gain (ou de la perte) est attribuable au caractère transgénique ? Pour le savoir, il faudrait toutes les éplucher.

Le cas du cotonnier Bt en Inde est illustratif. On sait que leur arrivée et leur diffusion ont coïncidé avec une formidable augmentation des rendements, de quelque 300 kg/ha/an avant, à plus de 500 kg/ha/an aujourd'hui [5]. Le caractère Bt ne peut revendiquer qu'une partie de cette augmentation. Gruère et Sun l'ont évaluée à 19 % avec des données arrêtées à 2009 [6]. Aucune explication convaincante n'a été proposée dans la littérature pour expliquer l'autre partie d'une augmentation des rendements soudaine et considérable. Et si le Bt avait servi de déclic, et donc de cause indirecte ?

On peut penser que les premiers adoptants du cotonnier Bt en Inde étaient les mieux armés financièrement (les semences Bt sont plus chères) et techniquement, et sans nul doute plus entreprenants. L'augmentation de rendement due au caractère Bt devait être relativement faible, car ce caractère s'est substitué à une protection de la culture plutôt bien maîtrisée.

D'autres adoptants, surtout les suivants, en ont profité bien davantage, en relation inverse de leur maîtrise phytosanitaire. Mais ils ont aussi fait un saut technologique considérable. Ils se sont tournés vers le marché « formel » des semences (sachant toutefois qu'au tout début, les semences transgéniques mises sur le marché étaient illégales) ; ils ont (généralement) acquis des semences de qualité sur le plan technique et sanitaire, avec une identité génétique certaine (mais les fraudes ont dû être nombreuses) ; ils sont peut-être passés des variétés-lignées aux hybrides, plus productifs, et forcément de création très récente avec, donc, un double progrès génétique ; compte tenu du prix de la semence, ils ont probablement aussi redoublé d'efforts pour la conduite de la culture ; la vulgarisation a été renforcée ; etc. Tout cela a contribué à accroître les écarts entre Bt et conventionnel (ou « traditionnel »). Comment chiffrer dès lors la contribution du caractère Bt ?

Le Bt a aussi suscité un effort sans précédent de génétique et d'amélioration des plantes, et d'organisation et de moralisation du marché des semences. D'aucuns n'apprécieront pas (dont une célèbre « écoféministe » récemment promue « ambassadrice de la famine » [7]) : il a aussi suscité une dynamique nouvelle, menée par un secteur privé plus réactif que le secteur public. La grande majorité des cotonculteurs indiens utilise aujourd'hui des variétés hybrides qui ont moins de 10 ans.

Ces effets – qui majorent l'écart entre Bt et conventionnel – sont durables. Mais il y en a eu d'autres, en sens inverse, quoique de nature essentiellement temporaire. L'offre génétique était extrêmement limitée au départ, et pas adaptée à toutes les régions. L'itinéraire technique n'a pas toujours été maîtrisé. On sait aussi qu'il y a eu un commerce de semences illégal, avec des fraudes sur leurs caractéristiques, ainsi qu'un emploi de semences de ferme, des F2 dont une partie n'était plus Bt... Tout cela peut expliquer un certain nombre d'accidents de culture ; des accidents largement exploités par les opposants aux PGM, dont les écrits ont peut-être fait leur entrée dans la méta-analyse, laquelle porte aussi sur la littérature grise.

Le cas du maïs Bt aux États-Unis d'Amérique illustre un autre phénomène : la quasi-généralisation des Bt a considérablement réduit la pression de la pyrale, et des producteurs de maïs non Bt ont pu en profiter largement, avec même des marges brutes supérieures à celles de leurs voisins utilisant le Bt, dans la mesure où ils n'ont pas encouru le surcoût des semences Bt.

Les études fondées sur des parcelles expérimentales ou des comparaisons de fermes similaires fournissent une image, certes imparfaite, de l'incidence directe du facteur analysé. Sauf si elles sont spécialement conçues à cet effet, elles peinent à décrire les effets induits, globaux ou au niveau de la parcelle.

Klümper et Qaim produisent trois chiffres... ce n'est en aucun cas le fin mot de l'histoire.

...cependant, quelques indications intéressantes, mais...

Les gains en général. -- Selon le résumé, « [l]es gains de rendement et la réduction de l'emploi des pesticides sont plus grands pour les plantes résistant à des insectes que pour celles qui tolèrent un herbicide. » Le contraire eût été étonnant pour la réduction de l'emploi d'insecticides. La conclusion est aussi conforme aux attentes pour les rendements si on considère l'impact du ver de la capsule, Helicoverpa armigera, sur le cotonnier et le fait que les maïs conventionnels n'étaient pas toujours protégés contre la pyrale.

Dans le cas des herbicides, les plantes transgéniques HT ont essentiellement induit une substitution d'herbicides sélectifs par un herbicide total rendu sélectif vis-à-vis de la plante cultivée. Et, s'agissant du soja, qui s'est considérablement développé en Amérique du Sud grâce à l'effet combiné de la demande internationale et du HT, l'étude de Klümper et Qaim n'a retenu qu'un seul document, plutôt ancien.

Pays en développement et pays développés. -- Selon l'étude, les pays en développement ont davantage profité de la technologie. Là encore, pas vraiment de surprise. Les PGM entraînent essentiellement une substitution phytotechnique dans les pays développés, mais constituent un saut technologique dans certains pays en développement.

Mais il faut faire preuve de prudence dans l'utilisation de ce résultat. La différence peut être due en partie au mix de cultures prises en compte.

Enquêtes auprès des agriculteurs c. essais comparatifs. -- L'étude a été essentiellement fondée sur des résultats d'enquêtes. Selon les auteurs, on reproche souvent aux essais comparatifs de surestimer les différences, les agriculteurs n'étant pas en mesure de reproduire les conditions expérimentales. Les auteurs trouvent en fait que ces essais produisent ici des différences moindres, ce qui serait plausible selon eux compte tenu d'une plus grande pression des ennemis de la culture dans les champs des agriculteurs.

L'argumentation laisse plutôt perplexe. La surestimation des différences semble être un homme de paille : les essais comparatifs dans lesquels les parcelles reçoivent souvent des soins attentifs ne peuvent que minimiser les différences entre modes de lutte contre les ennemis des cultures.

Source de financement des études. -- Selon les résultats de la méta-analyse, la source de financement des études n'influe pas significativement sur les résultats.

Ce résultat aurait mérité d'être développé.

Type de publication. -- Les auteurs trouvent des résultats plus grands pour les gains de rendement et de profits dans les articles publiés dans des revues à comité de lecture. Des compléments d'analyse les amènent à écarter l'hypothèse d'un biais de publication dans ces revues (biais issu d'une propension des auteurs ou des revues à écarter les études montrant de petites différences). Dans le paragraphe traitant du rendement, ils penchent plutôt vers l'hypothèse que les différences sont minorées dans la littérature grise, laquelle comprend beaucoup d'articles émanant d'ONG et de critiques des biotechnologies. Ils ne se prononcent pas dans le paragraphe consacré aux profits.

Une prémisse discutable

Admettons-le : une étude se doit de commencer par une introduction, souvent fruit de l'angoisse devant une page vide. Les auteurs écrivent donc sous « Contexte » que les controverses continuent sur la transgénèse et que : « L'incertitude sur les impacts des PGM est une des raisons de la suspicion très répandue dans le public. »

Prise dans sa globalité, cette assertion peut se défendre. Quoique... Il n'y a plus d'incertitude s'agissant de l'augmentation des rendements et des revenus des agriculteurs, ainsi que de la réduction de l'emploi des pesticides. Dans une moindre mesure dans ce dernier cas parce qu'il faut expliquer les tenants et aboutissants de la substitution des herbicides sélectifs par des herbicides totaux tels que le glyphosate, rendus sélectif vis-à-vis de la PGM et plus avantageux du point de vue sanitaire et environnemental.

Évoquer une incertitude – qui existe sans nul doute dans un public matraqué par la désinformation, mais plus dans le monde scientifique rationnel – c'est d'une certaine manière accréditer les thèses des chercheurs militants, pour leur opposer par cette étude une réponse plutôt faible.

Mais il y a aussi la réalité des faits.

Les principales PGM ont été cultivées en 2014 sur 181 millions d'hectares par 18 millions d'agriculteurs. Chez les principaux producteurs, les soles de cotonnier, de maïs et de soja GM dépassent, parfois largement, les 80 % de la sole totale. La betterave sucrière est devenue GM à 95 % aux États-Unis d'Amérique en l'espace de deux ans. Les semences GM ont fait l'objet de marchés illégaux (les premiers cotonniers GM indiens n'étaient pas autorisés et n'étaient pas de cette firme que d'aucuns aiment haïr...) ou de contrebande (les « semences Maradona » entre l'Argentine et le Brésil, les premiers cotonniers GM cultivés au Pakistan...) ; or on ne fait de contrebande que sur ce qui se vend.

Prétendre qu'il y a incertitude – au-delà de la désinformation de la propagande anti-OGM – c'est non seulement occulter ces faits et d'autres, mais aussi prendre les agriculteurs pour des imbéciles.

Du reste, une analyse des motifs de la « suspicion » devrait montrer que les rendements et les revenus des agriculteurs ne figurent pas bien haut sur la liste des objections. Quant aux pesticides, le paysage médiatique est pollué par la narration des superweeds, des super-adventices, et d'un glyphosate accusé de presque tous les maux de la terre.

Les auteurs ont-ils voulu alimenter le débat sur ce qu'ils ont considéré comme des motifs d'objection aux PGM ? Ils ont essentiellement obscurci le débat.

De toute manière, ces chiffres ne feront pas le poids face au choc des anecdotes.

Des narrations plus convaincantes et plus pertinentes

Nous préférons la narration de l'ISAAA, même si la technique et ses chiffres sont aussi sujets à discussion, et que le style fanfaron des communiqués de presse est détestable [8] :

« Les bénéfices offerts par les plantes GM. De 1996 à 2012, les plantes GM ont contribué à la sécurité alimentaire, au développement durable et au changement environnement/climat en augmentant la production des cultures d’une valeur estimée à 116,9 milliards de $ US; en fournissant un meilleur environnement, en économisant 497 millions de kg d’i.a. [matière active] de pesticides; en réduisant, pour 2012 seulement, les émissions de CO2 de 26,7 milliards de kg, ce qui équivaut à enlever 11,8 millions de voitures des routes pendant une année, en conservant la biodiversité, en économisant 123 millions d’hectares de terres entre 1996 et 2012 et en aidant à diminuer la pauvreté pour plus de 16,5 millions de petits fermiers et leurs familles, soit un total de plus de 65 millions de personnes, qui font partie des personnes les plus pauvres du monde. Les plantes GM sont essentielles mais elles ne sont pas une panacée. L’adhésion à de bonnes pratiques de cultures comme les rotations et la gestion des résistances, est un plus pour les plantes GM comme elles le sont pour les plantes traditionnelles. »

Ou encore celle de PGeconomics [9].

Mais nous préférons avant tout des études économiques ciblées. Car, comme pour leur évaluation, l'impact agronomique et économique des PGM doit être examiné séparément pour chacune d'elles.

____________________

[1] http://imposteurs.over-blog.com/2014/10/aliments-bio-ils-sont-beaux-les-biais-par-wackes-seppi.html

[2] http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0111629

[3] Par exemple, pour le soja :

http://www.leopold.iastate.edu/news/leopold-letter/1999/fall/does-planting-gmo-seed-boost-farmers-profits

Le site se promeut comme suit : « Le Leopold Center for Sustainable Agriculture explore et cultive des alternatives qui garantissent une meilleure santé aux gens et aux paysages dans l'Iowa et la nation. »

[4] http://stopogm.net/sites/stopogm.net/files/EvidenceBenbrook.pdf

[5] http://www.indexmundi.com/agriculture/?country=in&commodity=cotton&graph=yield

[6] http://www.ifpri.org/publication/measuring-contribution-bt-cotton-adoption-india-s-cotton-yields-leap

[7] http://www.geneticliteracyproject.org/2014/11/18/vandana-shiva-ambassador-of-famine/

[8] http://www.isaaa.org/resources/publications/briefs/46/topfacts/pdf/Brief%2046%20-%20Top%2010%20Facts%20-%20French.pdf

[9] http://www.pgeconomics.co.uk/page/36/-gm-crop-use-continues-to-benefit-the-environment-and-farmers

http://www.tandfonline.com/doi/full/10.4161/gmcr.28098#.VGJ_TTSG-So

http://www.tandfonline.com/doi/full/10.4161/gmcr.28449#tabModule

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